云门系中影响较大、流传时间最长的，当推瑞白明雪（1564—1641年）一支。知名的弟子有元洁净莹（1612—1672年）、百愚净斯（1610—1665年），他们都曾在江南一带活动，并住持过多处寺院，嗣法弟子四十多人。元洁净莹批评临济宗天童系僧人作禅宗史书，是“翻乱青原南岳以下统系”，并遵师指，“依《龙藏》五宗世系而正之”[33]，作了《传灯世谱》。百愚净斯先后住持江浙八处寺院，“凡所至地，数千衲子，而糗粮自充，师名振珠林”[34]。著述由弟子编成《百愚斯禅师语录》、《蔓堂集》。
寿昌系分了无明慧经的弟子博山元来、鼓山元贤和晦台元镜这三支。
博山元来的知名弟子长庆道独（1600—1661年）的两个徒僧天然函昰和祖心函可，影响最大。
函昰（1608—1685年），字丽中，号天然，出身于番禺望族，俗姓曾。崇祯七年（1634年）从道独出家为僧。后在广州约八处佛教寺院宣讲曹洞宗旨。“丙戌（1646年）清兵入粤，明诸王孙多见疑被戳，尸横于野，师遍拾骸骨，别建冢以瘗之。”[35]大有明末遗民的气节。著作有弟子编《庐山天然禅师语录》，注疏《楞伽》、《楞严》、《金刚》等经。另外，他在弘扬禅宗的同时，也大力宣传儒家的忠孝节义，主张儒释道三教合一，把忠孝节义糅进禅宗宗旨里阐扬，他不单纯是为了挽救佛教的衰落，而是为了抗清斗争的需要。正像《粤东遗民传》称：“函昰虽处方外，仍以忠孝廉节垂示，每于死生去就多受其益。”[36]因此，他特别受到明末遗民的归依，信众日多，执弟子礼及问道者不下数千人。
函可（1611—1659年），字祖心，号剩人，广东惠州愽罗人，俗姓韩。29岁出家为僧，归入曹洞宗。他曾游庐山等地习禅，后至罗浮参见道独，与函昰一直要好。函可曾到南京刻《藏经》，弘扬佛法。后来当他听到“甲申之变，悲恸形辞色”：又当听说“江南复立新主”，拟去投奔。顺治二年（1645年），函可在金陵被捕，受酷刑后被押送京城，不久又被流放千山（今辽宁鞍山市东南）。函可到千山后仍不断传禅，给这个“禅宗针锤未及于遐方”的地区，带来了“大事因缘”。他在此地建立了以谴谪明臣为主的冰天诗社；他身边常聚集有500至700僧人，并时常与在岭南的函昰保持密切的联系。函可先后在当地的7座大寺院宣讲曹洞宗旨，被奉为辽沈地区曹洞宗的“开宗鼻祖”。时人称他一生为“七坐道场，全提直指，绝塞罕闻，称佛出世”[37]。他著有《千山剩人和尚语录》。函可身经明清巨变之际，所以他的禅法多是为僧俗解悲消愁、讲解公案和经典、指导参究话头的，与开拓禅宗新领域的宗师显然不同，再加上辽宁禅宗本无根基，其影响范围也是有限的。
