通琇（1614—1675年），字玉林，俗姓杨，常州江阴县（今江苏江阴县）人。早年接触禅学，信仰净土，19岁随天隐圆修出家。明末他的地位并不“显赫”。顺治二年（1645年），通琇令弟子代管湖州报恩寺（今在浙江吴兴县），自己到江南各地游历弘教，其影响逐渐扩大。顺治十六年（1659年）应召进京住万寿殿，先后奉旨“请上堂者四”，成为通琇禅系的转折点。据《大觉普济能仁国师年谱》记载，通琇与顺治谈禅，应对谨慎而善巧，“上如不闻，则不敢强对，语不及古今政治得失、人物臧否，惟以第一义谛启沃圣心”。顺治帝深受其影响。顺治十七年（1660年），他再次蒙召入京，并受“大觉普济能仁国师”号。通琇晚年曾住持浙江的西天目山和江苏宜兴的国山。著有《辨魔录》、《普济玉林国师语录》等。
通琇一生以好辩著称，他往往通过辩驳阐述自己的观点。通琇之前，多数禅师认为高峰原妙所证悟的“物我俱忘”为中心的般若空观，只是“有主初进步”，是“悟”的初级阶段，与最高的悟境无关。通琇反驳这种见解说：“禅必以虚空粉碎、绝后再苏为正悟，悟后必须透脱末后牢关，方可出世为人。”“虚空粉碎”是指心境空寂，由心境空寂，形成认识上的空观，即“绝后再苏”。通琇认为，从空寂的体验到空的观念，都是“正悟”，“正悟”后，还必须“透脱末后牢关”，即“悟后重疑”，才能将空寂之心贯彻到现实生活的所有方面，达到“出世为人”。因此，在通琇看来，“悟”不能“一悟为休”、一次完成；“悟”也不能被分裂，更不能把“虚空粉碎”的心境当成非悟。由于通琇对禅师多有批驳，因此，受到曹洞宗僧人的反对，甚至受到临济宗同门僧人的指责。特别是与明雪的弟子百愚净斯结冤，最终酿成了争夺善权寺的酷烈的宗派主义斗争。这在禅学史上是不多见的。尽管参加此类争论的禅师很多，但所涉及的多属细枝末节理论，并没有产生出什么新思想。然而，这也是禅学史上最后一次较大的禅学活跃期。清中叶以后，像这样的禅学争辩已经没有了。
通琇对修禅和读书的关系也有独特的见解。其门人称：“师自出世以来，大事未明者，惟专一参究，内外典籍，概不许私阅。”但这不是说他反对读书。他引“古德”的话说：“通宗不通教，开口便乱道。”在他看来，证悟是重要的，“未明大事”，读书就会走入“邪魔”；悟后不读经教，就会胡说八道。所以，他要求读书要有明确的目的，读什么书要有轻重次序。他说：“看书当先究明诸家宗旨，次及诸祖语录。宗旨洞明，语录遍览，方可看教。”[31]这对近、现代佛家教育理论有直接影响，对推动佛教适应社会发展是有益的。
清前期曹洞宗僧人多出自湛然圆澄和无明慧经门下，前者称云门系，后者称寿昌系。虽然云门系的法系延续时间较长，但最初具有影响力的禅师，仍出自寿昌系。
云门系的湛然圆澄在江南弘教传禅二十年，其门下弟子众多，枝派繁盛，可与临济宗的天童系相比。他的最知名的弟子是三宜明盂（1599—1665年），著有《语录》、《杂著》等。他在“癸未至丁亥（1643—1647）五年，度僧累千百人，秉戒者数千人，请益者万人，开悟者数十百人”。明盂还十分注重讲经：“吾耻近世禅者高心空腹，不明一经，故劳劳讲席。”[32]这也是当时禅僧中的一种风气。明盂有弟子数十人，知名者为俍亭净挺、西遁净超。
