禅宗派别有临济的天童、盘山二系和曹洞的寿昌、云门二系。而临济宗由于在清初出了通琇和道忞，所以其势力更大一些。
临济宗的僧人多出自密云圆悟和天隐圆修这两系，前者习称天童系，后者习称盘山系。在顺治、康熙两朝，天童系的著名禅师较多，影响较大。雍正以后，盘山系的影响超过了天童系，成为清代临济宗的代表。
清初，临济宗的密云圆悟一系（天童系），影响很大，其中以木陈道忞、费隐通容等最有知名度。他们的禅宗思想在佛教内外，曾产生过极大的影响。
道忞（1596—1674年），字木陈，号梦隐，俗姓林，广东潮阳人，早年习儒，27岁出家后随圆悟习禅。于崇祯十五年（1642年）继圆悟住持天童寺，后在浙江住持过多处大寺院。顺治十六年（1659年）九月，应召进京，被封为“弘觉禅师”。后游历各地，以宣扬他与顺治帝的问答机缘，号召归顺新朝。道忞未被应召前，深怀故国之思，应召以后，思想发生转变，被时人认为是钱谦益式的人物。道忞在顺治十六年十月十五日奉旨说法时指出：“遇川广人与他说川广底话，遇闽浙人与他说闽浙底话，遇江淮人与他说江淮底话，遇长安人与他说长安底话，方可谓之我为法王，于法自在。何故？人居大国方为贵，水到沧溟彻底清”[27]。意思是说，人要成为自己的主人取得自由，就要见什么人说什么话，并把清朝廷喻为“大国”，而南明的一些小朝廷和抗清组织都是微不足道的。这显然是颂扬清王朝的统治，把禅学导入维护新统治者的政治轨道，受到当时一些参禅士大夫和禅僧的抨击。道忞的主要著作，除由其门徒编辑的《天童弘觉忞禅师语录》、《天童弘觉忞禅师北游集》外，尚有《奏对录》、《禅灯世谱》等。
护法金刚铜像
隐元隆琦（1592—1673年），福建福清人，俗姓林，是费隐通容一系的门下。28岁出家后，游学于南北各地，听讲《涅槃》、《法华》和《楞严》等经。曾应请住持黄檗山的万福禅寺、崇德县的福岩禅寺、长乐的龙泉禅寺。顺治十一年（1654年），还应日本长崎僧人之邀，赴日本传禅弘教，为中日佛教交往做出了重要贡献。主要著作有《云涛集》，海宁等编的《隐元禅师语录》。隆琦的禅学思想很突出。他虽然不反对禅僧学习经典，但对当时“讲席混滥”的情况很不满，认为：“经中实乃径路，直示人要，行则到家矣，不行，听到驴年亦无益。”[28]意思是说在教与禅关系上，主张禅行的重要，教禅最终要落实到禅行上。他特别推重《禅林宝训》，并让弟子重刻此书，以示“急救像季之流弊，摧邪扶正，恢复上古之真宗”[29]。因为此书汇集了宋代禅师论述禅僧道德修养的300条语录。由此可见隆琦对加强禅僧道德、禅行的重视。另外，隆琦在对待净土信仰上，则坚持禅宗的唯心净土说，认为“心”的染净是衡量净土世界和娑婆世界的标准。他说：“念不净不往极乐，心不染不来娑婆，娑婆极乐，只在当人心念染净之间矣。”[30]这一点在当时有对盛行念佛求生净土的风气作让步的倾向，认为修行净土的念佛法门也是返照自心见佛的通路。
清初，天隐圆修一系（盘山系）的影响不如密云圆悟（天童系），但清中叶以后，盘山系就成了临济宗最重要的一派。盘山系创自圆修的弟子箬庵通问和玉林通琇。它有比较严整的传承法系和比较稳定的禅院，从而形成了禅宗中知名度很高的丛林。雍正以后，在禅宗日趋衰落的总趋势下，这一系也没有更多的作为了。
