清代的寺院内部组织，由主管僧人统一领导，分层管理。主管寺院事物、布教的僧人称为住持（也称方丈或长老）。住持之下，分东、西两序，分别辖有各种执事僧人。东序有六个知事：都寺、监寺、副寺、维那、典座、直岁。其中“都寺”负责寺院内总的事务，并负责接待官吏、施主等；“监寺”负责协助都寺工作；“副寺”负责寺院财务；“维那”负责僧尼纪律事务，以及辨别度牒真伪。西序有六个头首：首座、书记、知藏、知客、知殿、知浴。其中“首座”分为前堂、后堂首座，主管分统全寺院的僧尼；“书记”则负责全院文翰事务，如缮写山门榜疏、祈祷词语等；“知藏”负责保管佛教经籍、文献事务；“知客”负责接待来寺院的官吏、施主等事务；“知殿”负责殿堂的香火和清洁等事务；“知浴”负责管理全寺院的浴室，为僧尼洗澡服务。此外，还有庄主，管理寺院的庄田；园主，管理寺院的菜园；役僧，担负寺院的各种繁杂劳务；夜巡，担任寺院夜间的警卫；鼓头，掌管寺院的法鼓；钟头，掌管寺院的敲钟、报时；茶头，供应僧尼茶水；门头，负责门卫[23]；等等。
清代佛教徒的习俗和佛事仪式与明代基本相同，唯有“焰口普度”异于前代。焰口是一种饿鬼的名称。焰口普度是通过念施食经咒来解除饿鬼的痛苦。这种仪式后来也被一般百姓所采纳，并转变为追悼已故先辈亡灵的一种形式。另外，当时的佛事活动有两大特点。其一，是佛教徒为阐扬佛事而举行的法会规模扩大化。清以前，佛教法会的举行一般则持续一周，最多不超过二周。入清以来，其法会规模日趋扩大，举行时间要持续七周之久，无论从时间还是从场面来看，清以前都无法与之相比。其二，是佛和菩萨等的诞辰纪念日制度化。佛教传入中国以后，中国的佛教徒便在每年的四月初八举办佛祖释迦牟尼的佛诞庆典。入清以后，不仅沿袭旧制，而且还规定诸佛、菩萨均有自己的佛诞日，并举行庆贺活动，企望诸佛、菩萨下界探访人间善恶。[24]
清前期的寺院经济来源，主要靠从中央到地方的各级官吏和实力人物施予的银钱和土地来维持。也有靠勾结官府，抢占百姓田舍，甚至兼并、侵占邻近寺庙来扩充自己的寺院和势力。还有一部分经济来源，由下层百姓为了求神佛保佑，以消灾避祸而主动为寺庙捐献的，包括银两、土地、房舍等。所以当时的“寺产”也是很可观的，特别是江南大寺，拥有几百亩、甚至上千亩土地的，并非是少数。据《大清律例》中记载：“僧道将寺观各田地……朦胧投献王府及内外官豪势要之家，私捏文契典卖者，投献之人，发边远充军；田地给还应得之人。其受投献家长并管庄人，参究治罪。”[25]寺僧们还有转移、典卖以及投献豪势之家以求荫蔽土地的。这虽然只是当时寺院占有土地的一个侧面，但由此也反映了当时寺院的经济状况。
清前期佛经的翻译，主要是国内各族文字的互译。雍正初年，北京黄寺土观呼图克图第一世奉命将藏文藏经甘珠尔部分译成蒙文。乾隆六年（1741年）到十四年（1749年）又译成蒙文丹珠尔全部。乾隆三十八年（1773年）至五十五年（1790年）再把藏文藏经译为满文。乾隆七年（1742年）工布查布在北京把藏文佛典译成以下汉文佛经：《造像量度经》、《造像量度经解》、附撰《造像量度经引》及《续补》、《弥勒菩萨发愿王偈》、《药师七佛供养仪轨如意王经》。不久，阿旺札什继续译《修药师仪轨布坛法》、《白救度佛母赞》。还有嘎卜楚萨木丹达尔吉译的《极乐愿文》，萨穆丹达尔吉译的《释迦佛赞》等。[26]佛经的互译对增进各民族间的文化交流是有益的。
三、佛教的主要流派及代表人物
清前期佛教的各宗派，承明遗绪，尤以禅宗为最盛，其次是净土，再次是天台、华严、律宗、法相等。
