清政府对于西藏地区的政教事务很重视。在雍正五年（1727年）设驻藏大臣，管理西藏政务。乾隆五十八年（1793年）制定章程29条，即《钦定章程》，确定了西藏地区政教合一的制度。当时所有西藏地区的寺庙和喇嘛都受理藩院管理。这对于加强满、汉、蒙民族的团结以及维护国家统一，有着十分重要的作用。
清前期统治者对佛教的利用、保护，还表现在承明旧制、从中央到地方普遍设立寺僧衙门，以掌管佛教事务。天聪六年（1632年），后金规定由僧录司综理各地庙宇和佛教徒，凡遵守清规戒律、知晓佛经者，均给予度牒。定都北京后，清政府便把僧录司当成中央政府掌管佛教事务的衙门。设官有左、右善世2人（正六品），阐教2人（从六品），讲经2人（正八品），觉义2人（从八品），这些人都由礼部考选、吏部委任。另外，还在各直省设僧官，府称僧纲，州称僧正，县称僧会。各州府县的僧官也都由各省直政司遴选、报送礼部授职。
清政府设立寺僧衙门，不仅表现出对佛教的重视和保护，而且也表现出对佛教的限制和钳抑。顺治二年（1645年），清政府虽宣布废除度牒纳银条例，但也不允许百姓私自削发为僧尼。康熙十六年（1677年），康熙帝谕令僧录司严格管理约束全国的僧侣，不允许私下设教聚会，违者严加惩处。禁止京城内外擅造寺庙、佛像，造寺者须经过礼部许批。若已有的寺庙、佛像，亦不许私自拆毁。自乾隆四年（1739年）以后，随着人口数量的增加，私度僧尼的人数也逐渐增多，一时难于查补给牒。所以，从乾隆十九年（1754年）起，通令彻底取消官给度牒制度。此项政令一直延续到清末。此一举包含着两面性。“取消度牒制度，固然为僧尼出家大开了方便之门，会为佛教招来更多的僧尼徒众，但由此而来的，却是僧尼成分的更加复杂，僧尼情况的更加窳滥，从而为加速佛教的衰亡造成了更为严重的内部因素。”[21]另外，清政府对佛教的限制和钳抑还表现为制定诸多惩处僧尼的法律条文。康熙四年（1665年）以来，对于私立庵院及私度僧尼都有法律规定。比如《大清律例》卷八的《户律·户役·私创庵院及私度僧道·条例》就是关于这方面的专门规定。在《大清会典》中对僧侣也有专门的律条：“僧道不守规列者，听所司究治；若所犯事涉军民，听有司讯鞫。有作奸犯科者，论如法，编管为民。”[22]由于清政府对佛教的种种裁抑，最终致使其衰落下去。
二、佛教的寺院和刻经
清初寺庙、僧尼的数字，据康熙六年（1667年）七月礼部统计：全国各地官建大寺庙共6713处，小寺庙共6409处。私建大寺庙共8458处，小寺庙共58682处。合计约有大小寺院近8万所。全国的僧侣共110292人，尼姑共8615人。合计约有僧尼近12万人。乾隆元年（1736年）至四年（1739年）止，顺天、奉天两府及各直省共发出度牒340112张。并令师徒相传，不再发予。此后私度的人数逐渐增加，乾隆十九年（1754年），则通令废止度牒。致使出家漫无限制，僧尼人数有增无减。
