他在《文史通义》中明确地提出：“六经皆史也。古人不著书，古人未尝离事而言理也。六经皆先王之政典。”他认为“三代学术，知有史而不知有经”[54]，“无经史之别，六艺皆掌之史官不特《尚书》与《春秋》也”[55]。“古之所谓经，乃三代盛时典章法度见于政教行事之实。”[56]至于把前代的典籍尊奉为神圣的经书，那是后世儒家所为。章学诚在《文史通义》的《易教上》、《经解上》和《经解下》等篇中集中阐述了自己的观点。这一说法把儒家加在《六经》上的神秘面纱全部揭了下来，如此言论在当时令人闻之惊骇。
“六经皆史”的意义在于，它扩大了历史研究的视野和搜集材料的范围；同时也是对当时空谈心性的“宋学”和专事考据的“汉学”不良学风的批判。“宋学”把“六经”视为“载道之书”，不顾历史事实而求索所谓的“道”。章学诚则一针见血地指出，“六经”是有着实实在在内容的“史”，是对社会现实的真实记录。而“汉学”家专注于对经传条文的考订，完全背离了“六经”的真正内涵。章学诚说，孔子作《六经》的目的在于让后人从先王的政典中获取治国安邦的道理；研究《六经》就是为了从中寻求对现实有用的东西，不能脱离当今人事而仅仅满足于为古书拾遗补缺。“六经皆史”的观点，在一定程度上也把史学的地位提高了。既然先王的政典是古代的历史记录，那么研究历史无疑就是研究前代政治，就与社会现实紧密地联系在一起。
章学诚进而提出了研究《六经》的正确态度。即应该紧紧围绕现实生活，从具体的历史事件中汲取有用的东西，“约《六经》之旨而随时撰述以究大道”[57]，而不应食古不化，墨守成规，他批评一些学者“昧于知时，动矜博古，譬如考西陵之蚕桑，讲神农树艺，以谓可御饥寒而不须衣食也”[58]。所以他大力主张学术要经世致用，反对死守章句、背离现实的治学之道。
三、史家与“史德”
唐代著名史学家刘知几在《史通》中曾说，一个好的史学家，必须具备才、学、识“三长”。章学诚在《文史通义》中对此加以肯定，但他认为判断“良史”的标准，仅这三点还不够全面，他在“三长”的基础上又提出了一个“史德”。什么是“史德”呢？章学诚说：“德者何？谓著书者之心术也。……盖欲为良史者，当慎辩于天人之际，尽其天而不益于人也。尽其天而不益于人，虽未至，苟允知之，亦足以称著述者之心术矣。而文史之儒，竞言才学识而不辩心术，以议史德，乌乎可哉！”[59]
从这段话中不难看出，章学诚所提出的“史德”的核心内容，就是史学家在研究历史时应如何处理主观与客观两者之间的关系。章学诚明确地指出，“当慎辩于天人之际，尽其天而不益于人”，这样才能做到“善恶褒贬，务求公正”。这一观点的提出，具有重要的现实意义。因为，在当时的史学领域中，明显地存在着脱离历史实际的治学风气。官方史学自不必说，在私人著述之中也有此种不良习气。“好名之人，则务揣人情之所向，不必出于衷之所谓诚然也。且好名者，必趋一时之风尚也，必屈曲与徇之，故于心术多不可问。”有的史学家，富有才情，学识渊博，见识出众，但在著述之中，却私意地篡改史实，任情褒贬，完全置客观实际于不顾，结果对问题的看法大相径庭。在章学诚看来，这种做法与“良史”的要求相距甚远。要解决这一矛盾，就必须端正态度，正确把握“天”与“人”之间的关系，从客观事实出发，力求从历史事件中探寻出规律性的东西，而不是人为地、想当然地对史实作出解释。
关于“史德”跟“史才”、“史学”、“史识”的关系，章学诚特别强调，“史德”居于首要的地位，是灵魂，对才、学、识具有驾驭和统帅作用。因为史学的重要目的是从纷繁复杂的历史事件中寻求“真义”，以期对现实有所借鉴。只有做到“尽其天而不益于人”，秉持公正的态度，才能很好地运用个人的才、学、识，如实地描绘出历史的真实面貌，“传人适如其人，述事适如其事”[60]。否则，如果抛开“史德”，只求显露才情，或卖弄学问，那显然是舍本逐末，走上歧路。当然，章学诚强调“史德”，并不是说就完全不重视其他方面，他说：“史所贵者义也，而所具者事也，所凭者文也。……非识无以断其义，非才无以善其文，非学无以练其事。”但这些只有和作者的“著述之心术”有机地结合在一起，才能发挥更大的作用。章学诚的这些言论，比之前代刘知几的“直书”观点，显然更进了一步。
此外，章学诚还在历史编纂和校雠等方面提出了一些新的理论。如他提出通史编写应做到“纲纪天人”，“通古今之变”；后世史家要在对古代史籍改造基础上，创造出新的史体，以适应时代发展的需要。为克服前代各种史体的不足，他自己设想出一种新史体，并决定用以改编《宋史》，可惜因早逝没能如愿。在《校雠通义》一书中，他从“辨章学术，考镜源流”的目的出发，提出“互著法”，为学术研究指出了一条崭新的路子。
章学诚把历史研究作为自己毕生的事业，但他的这种学术见解和方法与当时的学术风气水火不容，因此，他的史学思想在生前并不为社会所认同，且多遭訾议而“为人隐恨”。直到晚清学风变化，其《文史通义》、《校雠通义》不胫而走，他的史学革新精神始昭显于世。这些崭新的历史评论对清代历史乃至整个中国历史研究贡献良多。
