针对统治阶级推行封建专制主义和提倡理学，清前期一些学者高扬批判封建专制主义和理学的大旗，发出了时代的呐喊。与此同时，他们强调研究学问要和社会实际相结合。
黄宗羲像
首先是批判封建专制主义，代表人物有黄宗羲、唐甄、钱大昕和龚自珍等。黄宗羲在《明夷待访录》一书中，对封建专制主义进行了猛烈的批判，提出封建君主是“寇仇”和“独夫”。他指出，封建君主为了自己的**乐，不惜荼毒天下肝脑，离散天下子女，敲剥天下骨髓，因而是天下的“大害”。黄宗羲痛斥封建君主专制制度下的法令不是天下之法，而是一家之法，因而也是非法之法。他还主张，不应以天子是非定是非，因为天子之所是未必是，天子之所非未必非。黄宗羲还明确提出“贵不在朝廷，贱不在草莽”[9]，公开否认皇室的特权地位。
唐甄在《潜书》中，把封建君主看作是杀人的刽子手和罪恶的渊薮。他先是否定了君主的神圣地位，认为君主和平民一样也是人，进而指出自秦以来，帝王都是贼，都是屠杀百姓的刽子手，清代的帝王也不例外。应当怎样对待这些杀人的君主呢？唐甄主张用极刑处置他们。[10]
钱大昕对封建专制主义的批判是通过考史论学的形式进行的。众所周知，在封建社会中，君主的地位至高无上，弑君被认为是大逆不道。钱大昕在议论春秋时代弑君频仍的历史时，却指出，那些被杀的君主都是无道昏君，如果君主贤明，就不会产生乱臣贼子。他反问说：“君诚有道，何至于弑？”[11]
龚自珍对封建专制主义的批判，表现在他写的一组政论文《明良论》中。他揭露批判了封建专制主义之下的君臣关系，指出：专制君主把臣下看作犬马，专制制度好比一根绳索，捆绑着官吏的手足。官吏们则是以犬马自居，毫无廉耻，只知道醉心利禄，谄媚君主。不管是文臣武将，平日只知道吟诗作画，贪恋于车马服饰，一旦国家有事，则四处逃奔。在《乙丙之际箸议》、《尊隐》、《平均篇》等文章中，龚自珍还把清前期社会演变的趋势分成乱世、衰世、治世等几个阶段，指出道光朝已是衰世阶段，随之而来的将是乱世。龚自珍批判说，在封建专制主义之下的衰世，不仅缺乏有才能的将相，而且也没有有才能的士、农、工、商，甚至盗贼也都是低能儿。所以出现这种情况，正是封建专制制度扼杀了人们的聪明才智，混淆了一切善恶美丑，使人们是非不辨，黑白不分。龚自珍还把封建专制下的社会比作为吃人的老虎，认为只有变革社会，才能改变这种吃人的状况。为此，他大声疾呼：“九州生气恃风雷，万马齐喑究可哀。我劝天公重抖擞，不拘一格降人才。”[12]
《明夷待访录》书照
其次是批判唯心主义理学，代表人物有顾炎武、朱之瑜、王夫之、傅山、颜元、戴震等。顾炎武批判了理学的空谈心性，指出所谓的理学，不过是禅学而已。朱之瑜批判理学的脱离实际，虚伪浮夸，认为这样的学问足以败坏人心，乱政亡国。他斥责理学家“不曾做得一事”，是“优孟衣冠”，“与今和尚一般”[13]。王夫之从哲学思想上对理学观点进行了清算，针对理学家主张的“理先气后”，他反其道而行之，提出“于气上见理”[14]。理学家强调“存天理，灭人欲”，王夫之则指出天理和人欲密不可分，如果离开人欲而别有天理，那不过是佛学的说教，从而揭露了理学的唯心主义本质。王夫之还指斥理学是误国之学、亡国之学，所造成的祸害胜于洪水猛兽。
