清前期中国传统的医药学得到了进一步发展，主要表现是传统医学理论的研讨更加深入，新的药物品种不断出现，温病学派形成等。
一、传统医学理论
在中医学理论的总结方面，《内经》、《难经》、《伤寒论》、《金匮要略》等著作占有重要地位。《内经》是战国至秦汉许多医家搜集、整理的著作，包括《素问》和《灵枢》两部分。《内经》认为人体本身是一个整体，人体结构各部分互相联系；人和天地自然也是一个整体，人和自然环境密切相关。这些见解奠定了中医学理论的基础。《难经》也是战国秦汉时期的著作，对《内经》中的81个问题进行了讨论，一定程度上发展了中医药学的理论。《伤寒论》是东汉张仲景所作，该书总结了伤寒等急性热病的辨证论治原则和方法。《金匮要略》也是张仲景所作，论述了内、外、妇、儿科等方面的疾病病因、治疗原则、预防方法等。上述四部中医学著作，是历代学习中医的必读著作，集中反映了中医学的理论基础。[22]清前期传统医学的理论发展，主要表现在对以上著述的阐释和注解方面，又有了新的进步。
张志聪，字隐庵，浙江钱塘人。从顺治朝中期到康熙朝初期40年间，他和中医界志同道合者一起，参考以往中医药文献，认真讨论，相互切磋，在此基础上，注释《素问》、《灵枢》二经，得《素问集注》和《灵枢集注》二书。在这二部书中，张志聪“集诸家之说，随文衍义”，阐明了以往许多医学家所忽略或回避的疑难问题，发展了《内经》中的理论见解。他还注释了《伤寒论》和《金匮要略》，特别是注释《伤寒论》，历时20年，多次修改才最后定稿。张志聪指出：“风伤卫，寒伤营，脉缓为中风，脉紧为伤寒。伤寒，恶寒无汗，宜麻黄汤；中风，恶风有汗，宜桂枝汤：诸说未尽当。而风、寒两感，营、卫俱伤，宜大青龙汤为尤谬。”[23]上述见解，对人们认识伤寒病及其治疗有新的启示，也是对中医药关于伤寒理论的发展。张志聪还对《本草纲目》做了诠释，本五运六气之理，阐明药性，从而发展了《本草纲目》中的某些见解。
徐大椿，原名大叶，字灵胎，晚号洄溪，江苏吴江人。他以《内经》的经义解释《难经》，“训诂诠释，则依本文；辩论考证，则本《内经》”[24]，“逐难发挥，考证详明”[25]，“深思体认，通贯全经”[26]，在许多方面提出了新的见解，丰富了《难经》中关于经络、脏腑等功能的理论。徐大椿还著有《医学源流论》一书，分93目。他在该书中写道：“病之名有万，而脉之象不过数十，是必以望、闻、问三者参之。如病同人异之辨，兼证兼病之别，亡阴亡阳之分。病有不愈不死，有虽愈必死，又有药误不即死。药性有古今变迁，《内经》司天运气之说不可泥。”[27]这些见解，有助于人们对《内经》理论的正确认识，也是对《内经》理论的发挥。
喻昌，字嘉言，江西新建人。顺治年间侨居常熟，以行医闻名于世。在别人看来许多是不治之症，经他治疗多能痊愈。他著有《尚论篇》一书，是研究张仲景《伤寒论》的著作。在该书中，喻昌首先论述了《伤寒论》的基本见解，随后辨析了王叔和编次以及林亿、成无已校注的失误，继之以六经各自为篇。《尚论篇》一书“发仲景之精微，补正叔和之遗阙，参以妙悟，得之神解”[28]，对正确理解《伤寒论》一书的观点很有帮助。喻昌还著有《医门法律》一书，书后附录的《寓意草》，都是他治病的医案。这些医案，多是喻昌及其门人反复讨论，讲清楚为什么如此审证用药，和某些医家泛泛而谈某病用某药绝不相同。喻昌的著述及其实践，对中药学理论有所发展。
