和农业生产技术相关的，还应提到清前期的生物学研究。清前期生物学研究也取得了进展，特别表现在遗传育种人工选择的应用和研究方面。其实还在明朝末年，对金鱼创造性地人工选种和育种已经获得成功。据那时出版的《朱砂·鱼谱》一书记载，在金鱼雌雄**时精选种鱼，有意识地进行育种，选择具有相似变异的雌雄个体进行**，可以使符合人们需要或嗜好的变异积累起来，形成新的品种。这在当时世界上都达到了相当高的水平。清朝建立以后，这种人工育种和选种的技术又有所提高，被广泛运用于皇家苑林和私家园林中。在选种方法的单株选择法方面，也取得了相当突出的成绩。单株选择法，即用一个具有优良性状的单株或单穗选育新品种的方法。这种方法在康熙年间已经相当普遍地应用了。《康熙几暇格物编》（上册）记载，康熙皇帝曾选育出味既甘美、性复柔和而高产的优良新粟种，“生生不已，岁盈亩顷”，“茎干、叶、穗较他种倍大，熟亦先时”。用来制作食品，“洁白如糯米，而细腻香滑殆过之”。康熙皇帝还运用劳动人民创造的单株选择法，选育成功了一种早熟、高产、气香而味腴的水稻优良品种“御稻”，推广到江浙一带，获得了好收成。
二、水利技术
清前期统治阶级很重视水利建设。康熙年间，江南淮阳道按察副使傅泽洪在其幕僚郑元庆帮助下辑录了《行水金鉴》一书。该书175卷，按《水经》体例，博采黄河、长江、淮河、永定河四大水系有关淤涝灌溉利弊的文献，汇为一书，对当时的水利事业建设极为有益。后来，河道总督黎世序又纂修《续行水金鉴》156卷，补进了雍正至嘉庆年间的有关内容。以上二书的编纂为清前期水利技术的提高奠定了基础。
清前期水利技术的提高，首先表现在以靳辅、陈潢等人为代表的对黄河的治理。黄河是一条多泥沙的河流。清前期人们对黄河的认识，和以往相比又有所进步，已经产生了过水断面的水文概念，对黄河泥沙来源的分析，也较以往更加正确而精辟。以上这些对治理黄河有重要意义。
早在明朝末年，由于朝政腐败，治黄人才缺乏，黄河水患日益严重。清朝建立后，河道淤沙堵塞、堤防年久失修的情况并未解决，以致经常决口泛滥。据不完全统计，顺治十八年（1661年），黄河在各处决口达十余次。康熙元年至十六年（1662—1677年），黄河决口多达六十余次，有十余次造成大患，不仅影响到淮河、运河，使南北交通阻绝，漕运陷于停顿，而且使河南及苏北年年被灾，有的州县成为泽国。在这种情况下，康熙十六年，康熙皇帝任命安徽巡抚靳辅为河道总督，修治黄河。
