关于清代台湾的宗族组织，前人已经作了不少研究。在此主要依据台湾学者的有关研究成果，并结合笔者所见历史资料，概述清代台湾宗族组织的发展进程。
大陆移民大批渡海入台，始于郑成功收复台湾之际，当时随郑氏入台的军民有6万人左右。至康熙统一台湾时，当地的汉人总数约为12万人。不过，由于清廷一度对台湾的弃留举棋不定，当地汉人“年年回归泉州、漳州、厦门等地”,留居台湾的人数急剧减少。康熙二十七年间，台湾岛上“仅有汉人数千名居住”L168I。在此情况下，自然很难形成稳定的宗族组织。康熙中叶以后，台湾政治地位已定，大陆人民又纷纷移居台湾，至使当地人口迅速增长。乾隆后期，台湾人口已超过100万；嘉庆年间，接近200万；光绪十七年，高达254万。L1691随着人口的持续增长和汉族社区的不断扩大，大陆固有的宗族组织逐渐得以重建和发展。
清代台湾虽是新开发的移民地区，同族聚居的现象仍是相当普遍的。这是因为，在大陆移民渡台之初，为了协同应付复杂的社会生态环境，往往是同乡同族结伴而行，或是先后渡台的同乡同族相互援引，因而从一开始即已形成同乡同族相对集中的趋势。清中叶以后，在一些开发较早的地区，不同祖籍及族姓的移民之间经常发生“分类”械斗，势力较弱的一方往往被迫迁徙到同乡同族人数较多的地区，这就进一步促成了同族聚居规模的扩大。根据陈绍馨和傅瑞德对1956年台湾户口资料的抽样统计，各地都有不少人口占明显优势的大姓。陈其南以主要二姓占乡镇人口40%以上为指标，进一步验证了台湾各地族姓分布的集中趋势。
表中资料表明，在福建漳州、泉州二府移民聚居的地区，姓氏集中的现象相当突出，而在广东移民的聚居地，此类现象尚不明显。不过，由于该项统计是以乡镇为单位的，还不足以充分反映同族聚居形态。如果是以村庄一级的自然聚落为单位加以验证，同族聚居的现象势必更为突出。另一方面，有些大姓的聚居范围，往往包含若干村落，甚至是超乡镇的。如彰化平原，“大村乡的中部有七八个村落是祖籍漳州府平和县心田乡赖姓宗族聚居之区。埔心乡和员林镇一带则分别为祖籍广东潮州府饶平县的黄姓和张姓分布区。员林镇东南和社头乡东北角一带，从柴头林到龙井村之间的四个村落是漳州府南靖县施洋枋头刘姓宗族分布区。社头以南，田中镇以北则为漳州府南靖县书洋肖氏分布区。田中以南到二水之间为漳州府漳浦县陈氏一族分布区”1711。彰化平原的这种同族聚居规模，即使与闽东南沿海相比，也是毫不逊色的。
台湾学者一般认为，清代台湾移民的早期宗族组织，主要是以奉祀“唐山祖”为标志的“合约字宗族”,或称“大宗族”。在移民定居之后，经过若干代的自然繁衍，逐渐形成以奉祀“开台祖”为标志的“阄分字宗族”,或称“小宗族”。前者是从大陆原有宗族中分割出来的“移植型”宗族，而后者则是台湾本地土生土长的“典型”宗族。因此，从前者向后者的演变，标志着清代台湾移民社会的土著化进程。
清代台湾的“合约字”宗族或“大宗族”,一般都是经由“志愿认股”而组成的合同式宗族。此类宗族组织的有关股份，可以由派下子孙世代相承，也可以按股分割或买卖。试引有关契约如下：
(一)光绪十年苗栗刘氏《阄书字》
