随着欧洲文明的进一步发展，经院哲学的衰落已呈现不可阻挡之势。还在托马斯时代，罗吉尔·培根（1214-1292）就在许多方面超越了他的时代。在培根看来，所有问题都应该以直接经验为依据，也就是通过观察和借助试验询问大自然。培根主张大自然是一切真理的源泉。他不仅对托马斯主义进行了攻击，而且还使整个经院哲学的基本原则受到了震动，从而为中世纪末期欧洲思想向近代的转折准备了条件。培根嘲笑经院哲学家们缺乏对大哲学家们所用语言知识的了解，如希腊语和阿拉伯语。培根指责经院哲学家们缺乏足够的数学知识，培根认为数学是所有科学的基础。培根批评经院哲学家们一切以权威（《圣经》、亚里士多德、教父）为依据，并试图通过逻辑推理解决问题。
4.邓斯·司各脱神学与理性的对立观念
培根之后的英国方济各修会僧侣邓斯·司各脱（1270-1308）从另一个方面给了经院哲学以致命的打击，以至于在托马斯那里似乎已经达成的神学和哲学之间的和解又一次破裂了。司各脱清楚地认识到，在注重世界和自然的异教哲学家与基督信仰的基本立场之间有一条难以弥合的鸿沟，神学和（亚里士多德）哲学不可能达成像托马斯认为的那样完美的统一。我们不能用理性来证明上帝，因为上帝是一切原因的原因，一切本质的本质，所以理性不能证明上帝。因此，只能信仰上帝，不能通过理性认识上帝。邓斯·司各脱让理性与信仰分离，客观上为哲学摆脱神学束缚创造了条件。
5.奥卡姆的威廉与“如无必要，勿增实体”的思想
与前两位思想家的影响相比，奥卡姆的威廉（约1285-1349）所实施的唯名论的革新对于经院哲学的基础产生了更大的冲击，这标志着一个新时代的开端。奥卡姆的威廉批判了唯实论者从共相出发推论出个体存在的思想方法，认为只有个体才是真实的存在，共相是一种设想出来的东西，在物之后，是存在于理智中的一般概念，是符号，现实中没有与这种符号相应的实在的对象。现实中没有独立的联系，只有相互联系的事物。在相互联系的事物之外设定一个联系，在多的事物之外设定一个多，只能使科学毫无意义地复杂化。这是违背逻辑和一切科学的基本原理的。在此基础上，奥卡姆提出了他的著名论断：“能以较少者去完成的事情，若以较多者去做，便是徒劳。”后人把它概括为：“如无必要，勿增实体。”从这一原则出发，他认为像“实体形式”、“隐蔽的质”、“影像”之类都是多余的东西，都应当加以抛弃。[6]奥卡姆的威廉的这一思想被形象地称为“奥卡姆剃刀”，这个定律在14世纪的欧洲，剃秃了几百年间争论不休的经院哲学和基督教神学，使科学、哲学从神学中分离出来，引发了欧洲的文艺复兴和宗教改革。
6.唯名论与唯实论之争
