路德的观点和做法道出了德国人的心声。他的学生把《论纲》从拉丁文译为德文付印，人们争相购阅，两个星期传遍德国。路德揭开了宗教改革的序幕。路德的《论纲》取消了罗马教皇垄断《圣经》解释的特权。教会的精神特权一旦被取消，神职人员高于一般教徒的等级特权、教皇召集教会的行政特权也就随之取消，保护罗马的“三道围墙”被推翻了。依照路德的观点，教会不再是拦在个人和上帝之间的障碍，而变成了支持个人和上帝直接交往的后盾。
路德的本意是与其他神学家展开神学辩论，在基督教会和个人虔诚之间找到一个平衡点，而不是反对教皇。他贴出《论纲》之后，感到此举涉及教会的政策，因而跪在家中祈祷上帝的宽恕。在罗马教廷看来，攻击赎罪券就是攻击教皇的权力，教皇代表罗马教会，罗马教会是全世界的教会，反对教皇就是反对整个教会。路德最初的善良愿望在以上逻辑中被彻底击碎，教廷和教会要召路德到罗马受审。在萨克森选侯的周旋下，路德与教皇的代表于1518年10月在奥尔斯堡进行公开辩论。路德坚持自己的观点，他指出教皇不是上帝的代表，宗教会议的决议也可能是错误的，从而否定了教皇和教会会议的权威。1519年6月，路德再次与教皇的代表在莱比锡展开辩论，他指出《圣经》才是真正的权威，教皇和教会会议的行动和法令只有与《圣经》一致时，人们才有必要服从。路德在辩论时慷慨陈词，天主教神学家厄克的秘书为路德的思想折服，舍弃旧教。路德的思想触怒了教皇利奥十世，1520年6月15日教皇颁布了《斥马丁·路德谕》，要求路德两个月内到罗马公开忏悔，否则开除教籍。路德逐渐认识到欲使罗马教皇自行改革无异于与虎谋皮，他当众烧毁了教皇的敕令。同年8月到10月间，路德连续发表了《致德意志基督教贵族公开书》、《教会的巴比伦之囚》、《论基督徒的自由》3本小册子，进一步阐明自己的宗教思想和政治主张。路德新宗教的要义可以归结为：（1）因信称义。人们不必念经、斋戒，不必施舍、朝圣、购买赎罪券，依靠自己的信仰就可以得到上帝的恩典。一个有信的人自然会流露出善行，信心会改变一个人，使他结出义的果。路德的“因信称义”说不禁善行，而是赞许善行。他强调的是一个人是否行善以及行善的多少与“称义”无关，他提醒人们不要执着于善行，不要把善行当作“称义”的阶梯或向上帝讨价还价的筹码。（2）确立《圣经》的权威。《圣经》是信仰的唯一根据和最高权威，个人在阅读、解释、理解圣经的基础上产生对基督的信仰就可以成为义人。在《圣经》面前人人平等，教皇并不比普通信徒优越。教皇和教士无权把自己对《圣经》的理解强加于他人。放松教义的控制，准许个人自由地根据《圣经》作出自己的判断，这对人类的思想解放所起的作用是不可估量的。（3）信徒皆为祭司。俗人和僧侣之间的区分由此消除，每一个人都可以和上帝发生关系，上帝和人的灵魂之间不需要中介，俗人和教士有机会以“信”直接接近上帝，他们都有在自己的同胞中推进上帝之国的责任。
德国皇帝查理五世害怕路德掀起的宗教改革运动危及帝国命运，1521年4月在沃尔姆斯召开帝国会议，胁迫路德收回其观点，否则予以严惩。在路德被通缉的危急时刻，萨克森选侯把路德“劫持”，使其隐居起来，自1521年至1534年，路德精心将《圣经》译成德国人能够看得懂、听得懂的德文。
