金代也和宋辽一样，设有相应的医疗机构。在中央宣徽院下设：尚药局，有提点使及副使，负责掌管进汤药茶果，下有直长、都监等职。太医院，有提点、使、判官，负责掌诸医药及总判院事。下有管勾，随科至十人设一员，以精医术者充任。还有正副奉上太医、长行太医等。御医院有提点、直长，负责进御汤药，限以亲信内侍充任，还有都监等职。当时的太医官从四品到九品，设有大夫和郎，诸如保宜、保康、保平、保安大夫，保愈、成愈、医全、医效、医愈郎等。医学设十科，对医学生免一身之役，有学识者授医学博士。在诸府、路设医院，有医正、医工从业。另外还有惠民司，负责掌管发卖汤药之事。
金代在刊行医著方面，对于推行医学的进步和发展也起了积极的作用。皇统年间曾刊印《附广肘后方》，贞祐二年（1214年）重修《大观本草》为《经历证类本草》等。当时一些著名的医学家多有论著又有实践，其中成无己是金代第一个注释《伤寒论》的名医。马丹阳（1123—1183年），精针灸之术，著有《十二穴歌》，人称“马丹阳十二穴”，是古代针灸临床经验的总结。具有丰富实践经验的窦汉卿，是一位针灸名医，其《林幽赋》，把穴位、脉络、神经三者相互反映关系，以歌赋体裁表述出来，鲜明易懂，便于掌握和推广，在民间也易于流传。《流注能要赋》，则为肘膝以下井、荣、俞、合六十六有效穴位行针要义，提供了实践心得。还有一位弃进士而学医的纪天锡，医技高明，于大定十五年献所著《集注难经》15卷，因此被授予医学博士。
在金代最负盛名、在医学上有重大贡献的名家是刘完素、张从正和张元素及前面提到纪天锡。他们有治病实践，并著书立论，因此，《金史》皆为他们立传。刘完素（1110—1200年），字守真，自号通玄处士，著有《运气要旨论》《精要宣明论》《伤寒直格方》《伤寒标本心法本草》《三消论》《素问玄机原病式》等。其中代表作《素问玄机原病式》，特举二十八例，注二万余言。他认为人的寿命长短与自身的运动有一定的关系，但死也是自然规律。所以他说：“人既有形，不能无病，有生不能无死。病者但当按法治之。其有病已危极而不能取效者，或已衰老而真气倾竭不能扶救而死者，则非医者之过也。”其医术“好用凉剂，以降心火，益肾水”，创“火热论”，反对用一方治“百病”的呆板疗法。
张从正（1156—1228年），字子和，号戴仁，考城（兰考）人。兴定中召补太医，后辞去。著有《六门二法》失传。他医学刘完素，用药多寒凉剂，但其方多取医书。论病救治，最精要者为“汗、下、吐法”，但论其法则多变，“不当汗者，汗之则死。不当下者，下之则死，不当吐者，吐之则死，各有经络脉理”。
