元代正一教还有两个著名的人物，一个是张留孙，另一个是吴全节。张留孙是信州（江西上饶）贵溪人。张宗演奉命北觐忽必烈时，留孙从行。因正一道持符箓念咒作法，更易取得蒙古统治者的信任。忽必烈想留下正一道士常住大都，其他道士均以北方地高风寒为由，婉辞而去，只有张留孙因奏对称旨留了下来。留孙善于驱邪禳灾，渐受元廷眷隆。至元二十五年（1288年），元廷让他参与掌管道教的集贤院事，张留孙马上成了南北道教诸派的钦定盟长。此后，他主盟道坛三十多年，受玄教大宗师印，领集贤院士，秩二品，位在大学士之上，是元代品秩最高的道官。张留孙死后，深通儒学的吴全节继任玄教大宗师。他除主盟道教外，还以自己的特殊身份参议朝政，与其他大臣的关系也很融洽。这个时期正一道对元廷的政治影响，似乎超过了势力煊赫的全真教。
真大道教为金初刘德仁创建，五传至郦希成，住在燕京天宝宫，宪宗蒙哥始赐名为真大道教，授希成为太玄真人，领教事，赐以冠服，又给紫衣30袭，分发给其门徒。至元五年（1268年）世祖忽必烈命希成的门徒孙德福统辖诸路真大道教。传至张志清掌教时，他“舍传徒步至京师，深居简出，人或不识其面。贵人达官来见，率告病，伏卧内不起。至于道德缙绅先生，则纳屣杖屦求见，不以为难”[83]。比起那些趋炎附势，横行无忌的道教徒来，他的节操还是比较高尚的。
太一教是金朝天眷年间卫郡道士萧抱珍所创。四世祖萧辅道被忽必烈之母唆鲁禾帖尼赐号为中和仁靖真人，忽必烈在潜藩时对他也很尊重。五世祖李居寿在刘秉忠死后曾掌管两京（大都、上都）太一宫祠事。
四、伊斯兰教
伊斯兰教是7世纪阿拉伯人穆罕默德创立的宗教，唐代传入中国。成吉思汗建国前，伊斯兰教商人到过蒙古经商。成吉思汗建国后，大批伊斯兰教商人来到中国，与蒙古权贵合伙经商。“蒙古几次西征后，中西交通非常发达。中亚和西亚的回回人通过各种途径（被俘、投降、经商、求官、应召）大批来华，其中不仅有商人，还有工匠、技师、军官、兵士、教士、贵族、平民、妇女等各色人。其中不少人在政治上取得了较高的地位。”[84]如为太宗理财的奥都剌合蛮，丞相祃祃、阿合马，治世能臣赛典赤·赡思丁等人都是回回人。
元代回回人足迹遍天下，凡回回人大多数都信仰伊斯兰教，很少有例外。这一方面是因为回回人善于经商，要奔走四方；另一方面是因为元朝政府采取了宗教兼容政策，使得伊斯兰教得以在全国传播。他们居住大体上是大分散、小集中，始终保持自己的风俗习惯特色。元朝建国之初的中统三年（1162年），中都（北京）即有回回人三千余户，多系富商大贾。
依据诸色人户各依本俗管理的规矩，元朝政府在中央设有回回哈的司，掌管宗教活动及有关回回人的户婚、钱粮以及部分刑名事务。
元代伊斯兰教仅流行于回回人中，蒙古人权贵中只有忽必烈之孙阿难答是虔诚的伊斯兰教徒。他是安西王忙哥剌之子，忙哥剌领有的关陇河西地区，正是西域进入中原的孔道，这里回回人甚多，阿难答自小受到伊斯兰教的熏陶，便皈依了该教。他的部下15万人中有一半以上信仰伊斯兰教。成宗崩后，他争夺帝位失败被诛，但是伊斯兰教在西北地区的影响却无法消除了。明末在元代的亦集乃路（内蒙额济纳旗东黑城）还发现过伊斯兰教的礼拜寺遗址。
五、基督教
景教是基督教的一个教派，称聂斯脱利派，元代文献也写作也里可温。景教在唐代传入中国，当时称波斯经教，教堂称波斯寺，后来改称大秦寺。辽、金时期，中国西北和北方的一些少数民族如克烈部、乃蛮部、汪古部等信仰景教。元代设崇福司，“掌领马儿·哈昔、列班、也里可温、十字寺祭享等事”[85]。马儿·哈昔是叙利亚文的音译，是对聂斯脱利主教的称呼；列班意为法师、律师，是对聂斯脱利僧侣的称呼。他们也享有蠲免差发的优待。元代景教徒较多的地区是唐古特（泛指青海、西藏地区）、汪古、大都及江南部分地区。
马可·波罗在他的游记中记载，叶尔羌城（新疆莎车）的“居民一部分信仰基督教”；莎车（今属新疆）王国“一小部分是聂斯脱利派基督徒，向大汗称臣纳贡”；沙州（甘肃敦煌）“居民大部分是土库曼族，少部分是聂斯脱利派基督教徒和回教徒”；甘州（甘肃张掖）“也有一部分基督教徒和回教徒”。[86]蒙古国建立后，大汗的亲属中便不乏基督教徒，拖雷之妻、忽必烈的母亲唆鲁禾帖尼就是其中的一个。定宗贵由对基督教有着浓厚的兴趣，《蒙古史》一书的作者加宾尼叙述他的见闻说：“据经常同他在一起的基督教徒告诉我们……他们坚信，他即将成为一个基督教徒。关于这一点，他们有明显的证据，因为他供养着基督教的教士们，并且以基督教方面的供应品供给他们。再者，在他的大帐幕前面经常附设一座礼拜堂。”[87]应唆鲁禾帖尼之召东来的叙利亚人爱薛，出身于聂斯脱利世家，曾掌领过崇福司事。元朝的劲旅阿速军，是从高加索地区征集来的，他们都是基督教徒。
游牧于鄂尔浑河和土拉河之间的克烈部，其贵族信仰聂斯脱利派基督教，后为蒙古所灭。游牧于阿尔泰山周围的乃蛮部也是聂斯脱利派教徒，也被蒙古人灭亡。从此之后，汪古部成为东方信仰聂斯脱利教的最著名部族。汪古部原居西域，后迁内蒙，信仰景教。汪古部首领阿剌兀思曾与成吉思汗合势进攻乃蛮，皈依蒙古人较早，其驻地之一是黑水（内蒙达茂旗艾不盖河）附近的按打堡子，该地曾发现有刻着“十”字的残砖，可能是景教徒的礼拜堂。元代净州路（内蒙四子王旗西北城卜子村）居住着汪古部马氏一家，信景教，元代著名文学家马祖常即其后裔。马氏为景教世家，其先祖由西域辗转迁至净州。另外，在砂井（内蒙四子王旗红格尔苏木）也发现有景教遗迹。
大都是元代政治中心，也是基督教各派争相活动之地，聂斯脱利教在这里有一定势力，北京郊区房山县至今还保留有十字寺的遗址。江南的基督教是在南宋覆亡后传入的，杭州、扬州、泉州等地都有传教士活动，且有教堂存在。元以后景教逐渐衰落，西北方少数民族改信伊斯兰教，汪古部则改信佛教了。不过景教在促进东西方文化交流方面所起的积极作用，是不应抹杀的。
