元代举行佛事活动耗资之巨，远远超过了其他朝代。如延祐四年（1317年）宫廷佞佛用面439500斤、油7900斤、酥21870斤、蜜27300斤，这些支出完全是民脂民膏，统治者却挥金如土，毫不靳惜。佞佛活动频繁，造成国库空虚，百姓负担沉重，无怪乎有人惊呼：“国家经费，三分为率，僧居二焉。”[78]佛教徒又依仗权势，为非作歹，怙恶不悛。“为其徒者，怙势恣睢，日新月盛，气焰熏灼，延于四方，为害不可胜言。”[79]如江南释教总统杨琏真加挖掘杭州南宋诸帝及大臣坟墓101所，杀无辜平民4人，受人献美女、宝物无算，攘夺别人财物，计黄金1700两，银6800两，其他宝玩甚多。至于公然夺民田产，抢掠良家子女为奴婢，强占属于国家的山场、河泊、关津、桥梁等，更是屡见不鲜。至大元年（1308年）上都开元寺僧人强买民薪，百姓上告到留守李璧处，李璧刚询问根由，僧人已持棍闯入公堂，将他按倒在地，大施威虐，并将他囚入空室，僧人却遇赦得免。次年又有僧人与诸王妃子争道，“拉妃堕车殴之，且有犯上等语，事闻，诏释不问”[80]。顺帝年间，吐蕃僧人以运气术讨好天子，号“演揲儿法”，还有“双修法”、“秘密法”，“皆**也”[81]。元朝之所以不足百年而亡，与喇嘛教的泛滥是有很大关系的。
除了喇嘛教外，还有禅（即禅宗）、教（分天台、华严、法相三宗）、律（即律宗）三大流派。这三个流派的特点是“禅尚虚寂，律戒严行，而教则通经释典”。元代最流行的是禅宗中的临济、曹洞两家，大体上说来，临济宗流行于南方，曹洞宗流行于北方。曹洞宗的代表人物是金元之交的万松行秀，他是耶律楚材之师。行秀的另一弟子福裕曾主持西京（山西大同）少林寺，福裕一系是元代曹洞宗的主要继承者。临济宗的大师当首推北方的海云印简，他与成吉思汗、忽必烈祖孙两人都有交往，忽必烈的重要谋士刘秉忠是他的弟子。由于这层关系，海云被推崇为中兴禅宗的临济第16代祖师。南方的临济宗代表人物有雪岩祖钦、高峰原妙、中峰明本等师徒。
白云宗和白莲教是由佛教派生出来的两个道门。白云宗是北宋末年洛阳宝应寺僧孔清觉在杭州白云庵发起的，提倡素食念佛，故称白云宗。宋代白云宗一直未获得合法地位，入元受到承认，仁宗延祐年间被取缔。白莲教产生于南宋初，入元后有时承认，有时禁绝，元末农民大起义时，就是以白莲教作号召的。
三、道教
与佛教徒一样，元朝也设有道官管理僧徒。在中央，道教属于集贤院管辖，地方上郡置道官一人，官阶为五品，宫观设置主掌。全真教宗师的继承由道徒推荐，报朝廷批准。
全真教在其全盛时还刊刻道藏《玄都宝藏》，为了提高全真教的知名度和争取道流的正宗地位，掌教尹志平决定命披云真人宋德方主持刊藏，先后设立了经局27处，以管州（山西静乐）所存《大金玄都宝藏》为基础，并旁搜博采遗佚，再加上全真道人的其他著述，一并刻入道藏中，共印了一百多部。可惜蒙哥时期释道大辩论时道教败北，道藏中很大一部分被焚毁，这是很可惜的。
