蒙古人何时与吐蕃佛教结下不解之缘，迄今还未取得一致意见，但元太宗窝阔台的儿子阔端是蒙古人接触吐蕃佛教的关键人物，则一向没有异议。阔端受封领有青藏地区、驻戍凉州（甘肃武威），派将军多达率军入藏，回来后向阔端报告了乌斯藏各教派的情况，建议任命其宗教首领管理其地。阔端决定邀请乌斯藏宗教领袖萨斯迦班智达一晤，萨斯迦班智达携带两个侄子八思巴、恰那奔赴凉州，商谈了乌斯藏归顺蒙古的条件，并发回了致乌斯藏纳里的僧俗首领的信，从此西藏正式归入中国版图。八思巴曾谒见忽必烈于征滇途中，为他的妻、子行灌顶礼，并留侍在他身旁。与八思巴一同前往的还有噶玛噶举派的噶玛拔希，他在谒见忽必烈后，又北上朝觐宪宗蒙哥。后来噶玛拔希涉嫌支持阿里不哥与忽必烈争帝，忽必烈即位后疏远了他。萨斯迦派的地位空前提高，八思巴被封为国师，授以玉印，统领释教。
至元六年（1269年）八思巴因创制蒙古新文字有功，被封为帝师大宝法王，在中央设总制院（后来更名为宣政院），如遇吐蕃有事，即分院往镇，用人自选。总制院长官品秩为从一品，帝师是当然人选，下面的院使10人，第一名由中央政府任命，第二名由帝师荐举僧人充任，这就是元朝特有的帝师制度。帝师位尊势隆，他可主持宫廷的某些重大佛事活动，其职责中有一项是给元朝天子与皇室传授佛戒，举行灌顶等宗教仪式。皇帝即位之前，须从帝师受佛戒9次，八思巴就给忽必烈、皇后察必、皇太子真金讲解过佛教教义。至元十七年（1280年）八思巴圆寂，忽必烈给他加了一大串封谥：“皇天之下、一人之上、开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王、西天佛子、大元帝师。”自八思巴后，帝师成为制度，直到元朝灭亡，历代皇帝都有帝师。帝师带领僧徒作佛事，为皇帝及皇室成员延寿，祈祷国泰民安。同时也给皇室成员受戒。如泰定三年（1326年）皇后亦怜真八剌受佛戒于帝师，次年皇子又受佛戒于智泉寺。帝师掌领的宣政院，与中书省、枢密院、御史台成为朝廷的4个独立系统，有权自辟官属。各路府州县都有管理佛寺僧徒的机构，直属于宣政院，不受同级政府管辖。江南地区曾设行宣政院，管领江南各省佛教，僧官由宣政院任免。
“全宁路三皇庙”铜祭器（元）
上有所好，下必甚焉。因元朝皇帝信仰吐蕃佛教，对佛教徒优礼有加，蒙古王公贵族也纷纷起而效尤，使得佛教在蒙古人中迅速发展。长期生活在干戈俶扰中的百姓，不想再受刀兵之苦，希望有一个安定的生活环境，便也纷纷皈依佛门，全国各地兴起了一股修建佛寺之风。如和林（蒙古人民共和国鄂尔浑河上游东岸哈尔和林）有佛寺12座，即使在比较偏僻的今蒙古人民共和国库苏吉尔省阿尔布拉县境内，也兴建有为宪宗蒙哥祝福的释迦院。上都（内蒙正蓝旗东闪电河北岸）寺庙林立，仅《元史》所记，就达167座，其中的乾元寺、开元寺、天元寺、万安寺、帝师寺等，都是有名的寺院。其他如今内蒙呼和浩特东郊的白塔村，元代叫丰州，属汪古部管辖范围，境内佛寺甚多，有宣教寺、定林禅寺、荐福寺等。内蒙古赤峰市克什克腾旗系元代弘吉剌部按陈那颜牧地，为应昌府所在地，城中有报恩寺。这一类的寺庙几乎到处都有。
