蒙古人认为，人之所以有灾难祸殃发生，是因为恶鬼作祟，祛除之法是摆上供品，请珊蛮（巫师）祈禳。“珊蛮者，其幼稚宗教之教师也，兼幻人、解梦人、卜人、星者、医师于一身。此辈自以各有其亲狎之神灵，告彼以过去、现在、未来之秘密。击鼓诵咒，逐渐激昂，以至迷惘，及神灵之附身也，则舞跃瞑眩，妄言吉凶，人生大事皆询此辈巫师，信之甚切。设其预言不实，则谓有使其术无效之原因，人亦信之。”[72]这些珊蛮大多素质不高，假借天意，信口开河，人们竟信之不疑。《蒙古秘史》记载，成吉思汗笃信珊蛮，晃豁坛族人蒙力克有7个儿子，其中一个叫阔阔出的，又名帖卜腾格理（巫神），成吉思汗对他十分信任，一向言听计从。他挑拨成吉思汗与弟弟合撒儿的关系，说长生天指示，合撒儿将对成吉思汗构成威胁，成吉思汗不问青红皂白便把合撒儿逮捕，然后加以拷打审问，多亏诃额仑母亲救出。阔阔出又夺取了成吉思汗另一个弟弟斡惕赤斤所属的百姓，斡惕赤斤前往索要时，阔阔出又罚他下跪。成吉思汗忍无可忍，才命斡惕赤斤把阔阔出打死。“帖卜腾格里死去以后，晃豁坛族的儿子们都老实了。”[73]以后又产生了新的珊蛮，不过他再也不敢凌驾于成吉思汗之上了。珊蛮制度存在了很久，定宗贵由死后，由皇后斡兀立海迷失监国，她“嗜巫术，终日与珊蛮共处，政纲紊弛极矣”[74]。可见那时珊蛮仍有很高地位。
随着对外军事扩张，亚洲、欧洲的广袤土地都相继成了蒙古人囊中之物。这些地区有多种宗教，成吉思汗的政策是，不将自己信仰的萨满教强加于被征服的任何民族，不管他们信仰何种宗教，成吉思汗都不加干预，只要有利于自己的军事扩张，各种宗教都允许存在。这种兼容并蓄的政策，减少了许多军事冲突，的确不失为一项明智之举。“成吉思汗亲自规定，一切宗教都应受到尊重，不得偏爱，对于各种教士都应恭敬对待，把它作为法令的一部分。这项原则，所有他在东方和西方的后裔历代都忠实地予以遵守。”[75]成吉思汗的子孙中，按照各自的意愿和爱好，可各选择一种宗教，如蒙哥汗和贵由汗（即宪宗和定宗）信奉基督教，蒙哥之母唆鲁禾帖尼信奉景教，忽必烈之孙阿难答则信奉伊斯兰教等，也有不信任何宗教的。“他们虽然选择一种宗教，但大多数不露任何宗教狂热，不违背成吉思汗的札撒，也就是说，对各教一视同仁，不分彼此。”[76]元世祖忽必烈说：“人类各阶级敬仰和崇拜四个大先知。基督教徒，把耶稣作为他们的神；撒拉逊人，把穆罕默德看成他们的神；犹太人，把摩西当成他们的神；而佛教徒，则把释迦牟尼当作他们的偶像中最为杰出的神来崇拜。我对四大先知都表示敬仰，恳求他们中间真正在天上的一个尊者给我帮助。”[77]
二、佛教
蒙古人最早接触的佛教是禅宗，这是汉化了的佛教，口心相传，没有文字，与其他以经典相传的宗教不同。元太祖九年（1214年）蒙古人攻陷了金人辖下的宁远（山西五寨北），成吉思汗召见当时只有13岁的僧侣海云及其师父中观，这是接触佛教之始。成吉思汗远征西域时，在戎马倥偬之际，还未忘记中观、海云师徒，允许他们统辖汉地僧人，并蠲免其差役。成吉思汗开了优待佛教徒的先例，他的继承者也亦步亦趋，对佛教徒优礼有加。忽必烈在潜邸时，海云曾北上朝觐，给忽必烈留下了深刻印象。禅宗中的一支曹洞宗有个僧人叫万松，万松的弟子耶律楚材是蒙古国时期的治世能臣，颇受元太宗窝阔台的信任。13世纪中叶，吐蕃佛教（喇嘛教）在宫廷中地位超过了禅宗，但就全国而言，禅宗仍然最为流行，白云宗、白莲教是从佛教派生出来的，在南方拥有众多的信徒。
