刘因的经学思想也值得探讨。他认为人生下来时“材无不全”，这个“材”是指完善的性，之所以“不全”，是受了“异端”的迷惑，怎样补救呢？只有读书，才可以恢复其“全材善性”。读哪些书呢？当然是先读六经、《论语》《孟子》，然后是史书与诸子之书。所谓六经，是指《诗》《书》《易》《礼》《乐》《春秋》，其中《乐经》早已亡佚，实际只剩下了五经。这五经被视为治世的典则，于是注解蜂起，凡解经者称注，凡解注者称疏，注疏有官定的，也有私撰的，多至百家。这些注疏多为训诂性质，很少阐发思想。到了唐末宋初，始有人依经解说，大讲天道心性，这就是义理之学，也就是理学。刘因批评近世学者往往舍去传注、疏释，便直接去读宋儒的议论，这是不妥当的。他主张读书必先读传注而后去读疏释，然后再去读议论，以此强调汉、唐传注和疏释的重要，而宋儒则主张摒弃汉唐训诂，刘因与他们是有区别的。刘因之所以要强调汉、唐训诂，是因为训诂虽然繁琐，使人生厌，但训诂是仅就六经而发的，没有穿凿附会的成分，因而不失六经的本意，是可信的。刘因生活于宋、元鼎革之际，感到理学虽然是一项大学问，但不能挽救宋朝的灭亡，于是转而去求之于过去的圣贤经传，这种时代局限决定了刘因重视汉、唐训诂，他不可能提出更新的思想。
刘因对六经和历史同样重视。他在《叙学》中提出“古无经史之分，《诗》、《书》、《春秋》皆史也，因圣人删定笔削，立大经大典，即为经也”。作为一个理学家，能提出“古无经史之分”的命题，是很有见地的。稍早于刘因的元儒郝经就有“古无经史之分”的提法，刘因在这个说法上作了点发挥，他强调古史在经过圣人删削之后，才成为经典的，这与后世所说的“六经皆史”是有区别的。刘因主张有志气的学者，应当努力钻研六经、《论语》《孟子》，当从《诗经》学起，然后依次是《书经》《礼记》《春秋》《易经》，六经学习完毕，再学习《论语》《孟子》，然后是诸子、辞赋、文章、书法，这一次序不可紊乱。因为《诗经》“导情性而开血气”；《书经》是“圣人之情见乎辞者也”；血气既开，情性既得，一个人的大本就确立了，这时“礼”才派得上用场；《春秋》是用天道王法评判天下事业的；《易》使圣人成终成始；《论语》《孟子》使圣贤止于至善；诸子、辞赋使人懂得事理，思路开阔。这些见解与郝经的看法大致相同，郝经也有这样的议论，但两人并无师承授受关系，可见经史相通之说，是金代北方士子流行的见解。
刘因“古无经史之分”的提法，对后世的影响很大。明代王阳明提出，史书《春秋》也是经，《五经》也是史，《易经》也包牺氏（即伏羲氏）之史，《书经》是尧、舜以下的历史，《礼记》《乐经》是三代的历史，这一说法可能是在刘因“古无经史之分”的提法上敷衍铺陈而成的。清代在几次文字狱之后，莘莘士子谈虎色变，只能埋头考据，皓首穷经，于是汉学盛行，六经被捧为圭臬，以致造成学术界思想僵化、枯竭，针对这种情况，章学诚为了打破这种万马齐喑的沉闷局面，提出了“六经皆史”的口号。把儒家经典说成是史料，具有离经叛道的重要意义，其见识远在刘因之上，但还是受了刘因的影响。就刘因的本意来说，“古无经史之分”的提法，并不是否定六经的本身。
（三）吴澄的哲学思想
