刘因曾从国子司业砚弥坚受学，后又得南儒赵复所传程朱理学，便由章句之学转向理学。他认为天地之间凡人力之所为，都是“气机”所使，既成而毁，毁而复新，天地就这样生生不息。这种生生不息之理，既包括自然界的成毁、代谢，也包括社会的成毁、代谢，都是理势相因的结果，否则万物不能生长，人的繁衍也就停止了。这种生生不息的变化，刘因称之为“气机”。但是“气机”是个混沌不清的概念，是物质或是精神？只有弄清了这一点，才能回答世界万物变化的原因，刘因没有把“气机”交代清楚，正好说明他的世界观是唯心主义的。
刘因认为，人欲可化为天理，血气可化为性情，人欲怎样才能转化为天理呢？他说，天生这一世人，就能办一世事，从自己身上就能解决问题。他打了个比方：岭南多毒，但金蛇白药可治毒；湖南多气，姜橘茱萸可治气。鱼鳖螺蚬可治湿气但生于水中，麝香羚羊可治石毒而生于山中，如果没有战胜那些毒的气，就不能产生于毒气之中。这是说，要想改变人的欲望和血气，关键在于扩充他自身固有的德性和善端。怎样扩充呢？他以人与蜂、鼠的关系比喻人与物的关系：鼠是畏人的，一天，自己正在静坐，有老鼠出入怀中，似乎不知道我是人，熟视之也不见鼠有畏人的举动。我的父亲曾与人在易水上会饮，忽有蜂群飞来，驱赶马蜂的人都挨了螫，我父亲不动，结果安然无恙。这个例子说明，人的气如不暴露于外，外物袭来时不去激怒它，就像没看见一样，更不去激使它来，它离去后也就互相忘掉了。刘因的比喻是从周敦颐的“主静”与程颢的“主敬”演化而来，但周、程主张在动静中以静为主，而刘因却是对物视而不见，专务其静，物之来去，犹如“相忘”，也就是说要内外兼忘，无分彼我，这样，人与物便化而为一，物我无别了。这反映出刘因在认识论上反求于己的唯心主义。
刘因认为，“道”无时无处不在，一个人如果他的志向在于为善为君子，这个志向就能达到；如果是为了追逐一己之私利，这个志向就不一定能达到。一个人德性的高低，不在于其官爵的大小，而在于本身的道德修养。这个意见是对的。在谈及道与物的关系时，刘因认为“道”最根本，道并非“出于物”，也即不本于物，因此也就不为物所制，道是在万物之上的一种抽象的绝对本体。这个观点又是唯心主义的。刘因还认为，人对外界现象的认识不真实，不可靠，应当放弃对客观世界的认识，只要回到精神世界自我求索，就可与天道合一，成为圣贤。这样，天即我，我即天，圣即我，我即圣。这个认识也是不可取的。刘因的理学思想中吸收了老、庄和佛教的东西，但是他的思想体系又是为封建统治阶级服务的。因此，他的理学能成为后期封建制度的思想支柱，绝不是偶然的。
