第二，历时性的结构分析。我们很难把马克思的思想历程区分为几个界限分明的阶段，以及相应的明确的理论或思想转折。但是，从马克思的关注中心来看，他的思想历程有一个基本的走向，大体上与我们上述揭示的马克思思想的结构层次有一种特殊的、由深层结构向表层结构移动的对应关系，即从关于人的生存结构和人的发展的哲学反思，经过社会历史理论的建构，到具体的实践性理论的设计这样一个演进过程。从写博士论文到1845年前后，马克思的关注中心聚焦于人的生存结构、人的存在状态和人的解放与发展。关于自我意识和自由理性的强调、关于人的对象化实践本质的阐发、关于人化自然的思想、关于人的异化的生存状态的批判、关于人的全面发展和“自由人的联合体”的设想等，从不同层面建构起一种关于人的存在的深刻的哲学理解。从1845年《德意志意识形态》到1848年《共产党宣言》前后，马克思通过政治经济学批判、传统社会主义理论批判等，把关于人的存在的哲学理解转换成一种实践性较强的关于社会运行机制和社会变革模式的社会历史理论，即以生产力和生产关系、经济基础和上层建筑的矛盾运动为内涵的经典唯物史观。而从19世纪50年代起，马克思关于欧洲革命和巴黎公社等重大历史事件的分析、关于资本主义经济运行机制的揭示、关于原始社会的研究、关于东方社会结构的分析等，其目的是根据不同的历史条件把自己关于人的存在的理解和社会历史理论具体化为可操作的实践性理论。在这一思想历程中，早期的思想和理论内容逐渐积淀在他的学说和理论的底层，成为他的思想的深层结构和隐性理论。
第三，关于马克思思想层次结构的价值学分析。现在，当我们把上述关于马克思思想的共时性结构分析和历时性结构分析结合起来，加以总体把握时，我们马上就遇到一个带有根本性的问题：如何评价马克思思想的不同层次结构？尤其重要的是，如何评价马克思思想的深层结构，即他早期关于人和实践的哲学理解？关于这一问题的解答直接关系到我们对待马克思学说的态度问题，尤其关系到如何揭示马克思学说的当代意义的大问题。实际上，过去一百多年关于马克思主义的许多争论都与这一问题有密切关系。
在马克思主义的演进过程中，常见的观点是只承认马克思思想的前两个层次，即各种表层的具体结论和中层的社会历史理论，而否定马克思思想的深层结构即关于人的存在的实践哲学构想，这种观点有时通过对马克思早期思想的否定而表现出来。一个特殊的历史事实在某种程度上加剧了这一倾向。这就是，在马克思主义问世后的大半个世纪中，马克思的《1844年经济学哲学手稿》、《关于费尔巴哈的提纲》，以及他同恩格斯合写的《德意志意识形态》这三本最能代表马克思关于人和实践的基本理解的著作长期不为世人所知。在这种背景中，否定马克思关于人的存在的实践哲学构想的理论倾向有几种不同的表现形式：一是第二国际理论家干脆忽略马克思的哲学见解，把他的学说归结为经济决定论或“经济唯物主义”；二是社会主义国家的正统马克思主义把马克思关于人的存在的学说视作早期不成熟的观点，断言后来成熟的马克思抛弃和批判了早期的观点；三是以阿尔都塞为代表的结构主义马克思主义断言在马克思的思想演进过程中（1845年前后）经历了一个“认识论断裂”，此后的科学的马克思主义否定了早期以人道主义为特征的意识形态立场。
