辩证唯物主义自然本体论的内在缺陷最突出地表现在它的两个最基本的原则上。其一是客观性，亦即科学性原则。众所周知，传统科学思维力求排除主观性或认识主体方面的特殊性，追求按照客观现实的本来面目认识客体，认识世界，从而揭示和获得“纯客观的”知识。这也是辩证唯物主义的第一原则，它宣称追求“不依赖于主体，不依赖于人，不依赖于人类的内容”的“客观真理”[35]。在它看来，只有“纯客观的”认识才是可以科学实证的，因而是可靠的；这是唯物主义的根本含义。其二是整体性（或总体性）原则。按传统观念，哲学是最具普遍性的学说，它的对象只能是作为整体的世界，或世界总体。然而，世界总体无论何时均无法构成具体科学、实践或认识活动的直接对象，因而，世界无限性的命题就构成整体性原则的基本内涵。辩证唯物主义一方面借助从自然科学提供的世界图景演化中所推演出的“无限层次”观点，另一方面运用哲学思维关于有限和无限的辩证法来论证世界的无限性，以此证明它所把握和认识的是作为整体的世界，它所描绘的是“世界总图景”或“宇宙总规律”。毫无疑问，客观性和总体性原则是辩证唯物主义的两大支柱。但是，自然本体论所理解和所追求的客观性和总体性实际上是可望而不可即的理想状态。
首先，现代科学在巨大世界和微观世界两个方向上的拓展，深刻地改变了人类认识的特征。人们一再引证的相对论、量子力学、现代宇宙学等现代科学充分表明，传统科学所追求排除主体性的对客体的“纯客观”的把握只是一种永远不可企及的理想目标。因为，一方面，世代相续的、积累性的人类实践及其成果已深深地嵌入（积淀于）人存在于其中的客观系列中；另一方面，现实的科学和实践活动（意向与手段）不可避免地构成所认识对象的组成部分。归根结底，人所认识的只是主客体的相互作用。自然科学尚且如此，更不必提及主要以历史存在为研究对象的哲学思维了。不应忘却恩格斯的名言：“人的思维的最本质和最切近的基础，正是人所引起的自然界的变化，而不单独是自然界本身。”[36]
其次，同客观性原则相此，世界无限性的预设更难以确证。它有两个支撑点。其一是以人为中心的自然图景的无限外推。自然科学的发展提供了一系列世界（自然）图景；同时，迄今为止天文学、物理学的发展一直在拓展人所观察到的宇宙的边界。这些构成辩证唯物主义“世界总图景”（“无限层次说”）的基础。然而，这种以人为中心的自然图景的无限外推并非真正的无限，而是一种“恶无限”；真正无限的宇宙无论何时都不会成为科学的直接对象，反之，任何可以作为科学的直接对象的宇宙，无论如何拓宽，都必将是有限的。因此，从时空的意义上说，世界有限与世界无限这两个命题是等值的，都只是假说；而后者是永远无法由科学实证的假说，因为就抽象可能性而言，唯一可能被科学证明的是自然世界的有限性。当然，辩证唯物主义也意识到这一局限。其世界无限性原理还有另一支撑点，这就是“我们从有限中找到无限，从暂时中找到永久，并且使之确定起来”[37]。然而，问题在于，思维的无限本性并非是终极的东西，它本身尚需证明。我们无法从自然运动中轻而易举地推出思维的无限本性，而必须求助于人的实践活动的本性，但那样一来，又必须给辩证唯物主义的本体论以全新的界说。
