恩培多克勒认为，人的灵魂由于获罪而堕落，从而成为“一个从天上放落下来的流**者”[25]。但可以使灵魂摆脱轮回得到净化，升华而重返理想的神圣乐园。人是灵魂轮回的最高形式，但他必须通过种种净化手段，涤除罪恶，才能使灵魂重返到与诸神同在的极乐至境。恩培多克勒所说的净化手段，提到奥菲斯教用净水洗身这种教义，人们必须“从五泉中汲水盛入坚实的铜盘来洗净自己”[26]。根据希罗多德的记载，凭水进行净罪，当时在希腊世界是盛行的：
吕底亚人的洗净的仪式和希腊人的洗净的仪式是差不多的。[27]
恩培克多勒另行提出三种净化的途径。
第一种净化方式：禁忌吃肉、豆类、月桂。
基于万物血缘相通，动物的躯体中寄藏着同人的灵魂有亲缘关系的灵魂，吃肉无异是一种吃亲骨肉的极大罪恶。按照他的逻辑来推论，一切植物中也寄藏着灵魂，但在蔬食中也只划出两个禁区，告诫：“绝对戒食月桂树叶”，“切莫去触动豆类”[28]。其原因大概是在于：在奥林匹亚赛会上制作“桂冠”的月桂树叶，是灵魂在植物中寄托的最高形式；而豆类，毕达哥拉斯早已认同它与人的生命有亲缘关系。因此，恩培多克勒猛烈抨击当时盛行血祭仪式的希腊通俗宗教：“你们还不停止那种疯狂的屠宰么?你们不曾看到，在这种由于你们心里的轻率和粗鄙所造成的活动中，你们在自相吞噬!”[29]因为在血祭中屠杀的牺牲，同人有血缘关系，所以他指责血祭是亲骨肉自相吞噬。
第二种净化方式：凭借美德。
在伦理道德生活中不可做坏事，“戒绝邪恶”[30]。他曾说过：“你们是被邪恶弄得心神狂乱了，你们那负荷着罪孽的灵魂将不能忍受。”[31]灵魂在邪恶的重压下是不能解脱的。现在留存的残篇中，关于这种道德净化，没有更多的阐述。根据亚里士多德的记载，恩培多克勒是将爱和争看作是善和恶的原则，由此可以推知，他认为道德上的邪恶也是由争所引起的。他在《净化篇》中，正是将爱和争主要看作是善和恶两种伦理价值的力量。他主张用爱的道德联结人们，过善良、恬静的生活。
第三种净化方式：凭借知识。
在恩培多克勒看来，凭借知识而使灵魂得到净化，是三种方式中最重要的。
早期毕达哥拉斯学派主张，除了通过一系列宗教禁忌使灵魂得到净化，还强调通过音乐使灵魂达到和谐，通过数理自然科学的研究，以及哲学的沉思观照等，使灵魂得到净化，与整个宇宙相和谐。恩培多克勒则进而指出，人和神的区别，主要在于知识的高下，因此人的净化与知识是密切相联系的：
有福者就是获得了丰富的神性智慧的人，不幸者被笼罩在黑暗之中，他的灵魂中只有对诸神的模糊、朦胧的意识。[32]
正因为灵魂之能重返所从出的“幸福乐园”，还是继续滞留在罪恶的“大地”，关键在于是否获得“丰富的神性智慧”。所以，只有致力于追求这种“神性智慧”，才能重新成为“有福者”，才能重返“幸福乐园”和诸神生活在一起，成为“幸福快乐而有福的人，你将是神而不是会死亡的人”[33]。根据柏拉图的记载，与恩培多克勒同时代的、并到过他故乡阿克拉加斯的抒情诗人品达罗斯，曾吟咏过凭智慧而重返天庭：
费尔色丰从他们那里得到了过去悲哀的报偿，
九年之后，
她又使他们的灵魂还回到太阳的上方；
从中成长出高贵的帝王，
以及众人，思想渊博，敏捷健强。
而在其余的时间，
他们则被称为英雄，接受人类颂扬。[34]
因此，灵魂要获得拯救，要返璞归真，就必须向诸神看齐，靠理智去获得丰富的知识，包括自然、宗教和道德方面的知识。这样，才能重新跻身到神的行列中去。他并说，这种知识渊博，与神齐等的先知在人间凡世就已经有了：
