这种凭借沉思、凝神观照的途径使灵魂获得净化的观点，对整个希腊哲学的发展的影响，是极其显著和深远的。柏拉图在《斐多篇》中就接受了这种观点，认为哲学家要从世俗的事务中解脱出来，才能有闲暇进行沉思。灵魂和肉体结合在一起将是不纯粹的，因此要将灵魂和肉体分离开，而这就是净化，灵魂也因此打破肉体的桎梏，从而得到永生。所以，哲学家如果害怕死亡便是最愚蠢的，他应该乐于肉体的死亡，使灵魂得到净化，从此才可以得到真正的智慧。[39]在《会饮篇》中讲到，人的灵魂凭借“向上引导”的途径，通过审美观照，从个别的美开始最后认识到最高的美的理念。以后，晚期希腊哲学中最后一个哲学家普洛丁，同样也强调，哲学家只有凭借“向上引导”，通过审美观照，才能使灵魂重返故园，重返天庭、回到所从出的第一原理“太一”那里，永享福祉。
由此可见，哲学在毕达哥拉斯学派那里获得了异乎寻常的深远意义，成为摆脱轮回的一种重要途径。“哲学本身是一种‘净化’，逃避‘轮回’的一种途径。”[40]就他们而言，灵魂的净化和拯救，不仅仰赖神秘的宗教祭典崇拜，仰赖入教、入盟仪式的净化，而且还要仰赖哲学。这里的哲学，已经含有“理性”和“沉思”的意义，为的是获得真理和理解，标志着哲学的理性思考和宗教信仰的结合。他们认为整个世界是秩序井然的，具有美的那种结构上的完满；整个自然是血缘相通的，人的灵魂是和有生命的、活生生的、神圣的宇宙密切相联系着的；同类相知，人越是能认识到某种东西，越是能与被认识的东西同化；人正是凭借沉思（也就是通过哲学）寻求对神圣宇宙秩序的结构的更好理解，从而也就是实现和培育人自身的神性因素。这就是毕达哥拉斯学派凭借哲学，通过凝神观照获得真理，从而净化自己灵魂的真谛所在。
最后是通过音乐的途径。关于通过音乐以使灵魂得到净化，从现有保存下来的资料看，那是这个学派谈得最多，也是谈得最为具体的。
毕达哥拉斯深信，向感官灌输音乐，“对人类来讲是头等重要的事情。随之而来的是，他们能观察美的外貌和形式，并听到优美的节奏和旋律。因此，他是第一个凭借节奏和旋律确立音乐教育的人”[41]。正是音乐能医治人类坏的品性，使人的心灵恢复到原来质朴的正常状态。根据公元前4世纪时希腊哲学家和音乐理论家阿里斯托森的记载，毕达哥拉斯学派强调音乐对人的灵魂的净化作用：
毕达哥拉斯学派凭借医学实现净化肉体，凭借音乐实现净化灵魂。[42]
正因为这样，毕达哥拉斯让他的门徒们在晚上入睡以前，用音乐驱除白天精神上的激动的回响，以净化他们受到搅动的心灵，使他们平静下来，处在做好梦的状态；早晨醒来，又让他们听人唱特殊的歌曲，和由竖琴演奏的旋律，以清除晚上睡眠中的麻木状态。但也只有毕达哥拉斯一人能听到宇宙天体的谐音：
就他（毕达哥拉斯）自己说，他既不创作又不演奏任何其他的同伴们演奏的那种竖琴或歌声的旋律，而只是使用一种秘密的、莫测高深的神圣方法，全神贯注于他的听觉和心灵，使他自己沉浸在流动的宇宙谐音之中。根据他的说法，只有他才能听到并理解这种谐音，以及由这些天体激起来的和声。[43]
因此，毕达哥拉斯学派高度重视音乐的教育作用。公元3、4世纪时的希腊新柏拉图主义作家阿里斯提得·昆得利安在他的《乐记》中曾记载到，毕达哥拉斯学派鉴于音乐的效果，所以主张从儿童时代开始，对每个人进行音乐教育是必不可少的。为此，他们使用了那些被证明是最好的旋律、节奏和舞蹈；进而判定哪些旋律是用于公共仪式上的，他们称之为“法定的”；哪些旋律是属于个人娱乐的。通过把这些旋律运用到仪式中，并保证了它们的永恒形式，通过给它们命名，突出了它们的不变性。[44]
