早期的毕达哥拉斯学派，除了积极参加政治活动外，又是一个宗教团体和从事数理学科研究的组织。毕达哥拉斯的门徒虽有“信条派”和“数理学派”之分，但在学说上不无相互渗透之处，这点在他们通过音乐来使灵魂得到净化的观点上体现得比较清楚。
特别是早期毕达哥拉斯学派的灵魂学说，首先受到费雷居德和埃及宗教的影响，肯定灵魂轮回转世说：
毕达哥拉斯对他的门徒们讲些什么，没有一个人能够肯定地说得出来，因为门徒们保持一种异乎寻常的缄默。可是，以下几点是众所周知的：首先，他认为灵魂是不朽的；其次，灵魂能够移居到其他生物体中去，而且循环反复出现，以致没有一件绝对新的东西；最后，因此可以说一切有生命的东西都是血缘相通的。[34]
其次，受奥菲斯教派等的影响，将肉体看作是坟墓，而灵魂则是神性的一部分。早期的毕达哥拉斯学派将灵魂看作是不变的、看不见的、神性的，而肉体则是变化的、看得见的、有死的。从而认为，人的灵魂要得到“净化”，才能摆脱轮回，达到不朽。再次，肯定灵魂是一种和谐、谐音。亚里士多德有两则被人们归诸和毕达哥拉斯学派有关的记载：
赞成这种学说的人说，灵魂是一种和谐，因为和谐是由对立组合或结合起来的，而肉体就是对立组合而成的。[35]
在我们身上似乎有一种类似乐调和谐音的东西，所以有些哲学家说灵魂是一种谐音，别的哲学家则说灵魂具有谐音。[36]
“轮回转世”说和“肉体坟墓”说，同“灵魂和谐”说是不相容的，但根据记载都是早期毕达哥拉斯学派所主张的。就他们而言，集中到一点，就是通过“净化”才能摆脱肉体对灵魂的羁绊。其不同的成员，就此提出不同的“净化”或拯救的途径。
首先是宗教的途径。早期毕达哥拉斯学派同奥菲斯教派一样认为，凭借神秘的入教仪式，可以使灵魂得到拯救。他们认为，灵魂之降生人寰，是作为一种惩罚而被羁绊在肉体中的。通过入教和净化等宗教仪式，当肉体死亡后，得到了净化的灵魂，就可以避免在阴间遭受惩罚，并享受福祉。这很可能是该学派中的“信条派”所信仰的。
其次是通过沉思追求真理的途径。早期毕达哥拉斯学派的思想，宗教迷信的非理性因素和追求真理的理性因素是交织在一起的，热衷于通过理性思考追求真理，以此作为他们的人生理想。第欧根尼·拉尔修记载到这一点：
当菲罗斯的僭主勒翁（Leon）问到他（毕达哥拉斯）是什么人时，他说他是“一个哲学家”。他将生活和大竞技场作比，在那里，有些人是来争奖赏的，有些人是带了货物来出卖的，而最好的人乃是沉思的观众。同样的，在生活中，有些人出于卑劣的天性，追求名和利，只有哲学家才寻求真理。[37]
这里所讲的“沉思”即“凝神观照”，它是所有净化中最大的净化，即将自己献身于从事科学研究，即做一个热衷于追求真理的真正的哲学家，这就能最有效地摆脱“轮回”[38]。这正是“数理学派”所热衷追求的，也正是出于摆脱“轮回”，使灵魂达到净化的目的，推动他们积极开展数学、谐音学、天文学、宇宙学等方面的研究。
