（9）负责公路、水路国际合作与外事工作，开展与港澳台地区的交流与合作。
（10）指导航运、海事、港口公安工作，管理交通直属公安队伍。
（11）承办国务院交办的其他事项。
（二）水运局
水运局是交通运输部下设的12个内设机构之一，其主要职责如下：
（1）拟订水路工程建设、维护、运营和水路运输、水路运政、港口行政、航道行政管理相关政策、制度和标准，起草相关法律、行政法规和规章草案，并监督实施。
（2）拟订水路运输发展战略，提出水路建设规划、计划和国家重点水路建设项目立项审核工作的建议；提出有关物流规划、政策和标准的建议。
（3）起草水路运输、港口和航道管理体制改革方案，并组织实施；提出有关水路建设和运输信息化项目建议并组织实施，指导交通电子口岸建设。
（4）承担水路运输、港口经营市场监管工作；承担无船承运、船舶交易、船舶代理、船舶管理业、理货等管理工作；承担引航的有关管理工作。
（5）承担水路建设市场监管工作，承担水路工程勘察设计、施工、维护等的市场管理工作，核准、审核从业单位资质；承担国家重点水路工程和部门管理的支持系统有关建设项目设计审批、招投标管理、施工许可、实施监督和竣工验收工作；指导水路行业基础设施建设、运营和维护管理。
（6）拟订水路工程标准、规范和定额，并监督实施。
（7）承担航道及有关航道设施、通航建筑物的管理工作；承担国际和国境河流运输及航道管理；会同有关司局承担跨临拦河建筑物通航净空尺度和技术要求审批。
（8）起草水路有关规费政策，提出有关收费政策建议，并监督实施；提出有关价格政策建议；组织协调国家重点物资运输和紧急客货水路运输。
（9）拟订水路运输应急预案，起草港口安全生产政策和应急预案，组织协调应急处置工作；拟订水路危险货物运输政策和标准；承担港口设施保安管理工作。
（10）承担对台运输管理工作和涉台有关事务工作。
（11）拟订政府间水路双边合作协定，参与政府间多边水路协定的有关工作，并组织实施；承担有关危险品和水路运输国际公约、规则制定和修订的相关工作；承担相关国际公约的履约工作。
（12）配合部总工程师做好相关工作，承办为总工程师服务的日常工作。
（13）承办部领导交办的其他工作。
（三）中央航运管理机构的法律地位
根据国务院《水路运输管理条例》第四条：“交通运输部主管全国水路运输事业，各地交通主管部门主管本地区的水路运输事业”的规定，结合《水路运输管理条例》第二条适用范围的规定，沿海、江河、湖泊及其他通航水域内从事水路运输和水路运输服务业的行业管理由交通运输部主管，交通运输部是国务院组成部门，属于政府序列的行政机关，具有行政管理主体资格。
长江、珠江航务管理机构是代表交通运输部在长江、珠江水系的派出航务行政管理机构，是以交通运输部名义进行的，具有行政管理主体资格。但是水运局属于内设机构，不具有行政管理主体资格。
三、地方航运管理机关
2007年5月1日《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》实施，它是专门规定地方行政管理体制的主要法规。根据该《条例》全面履行职能的要求，只要有水路运输的地方，都应当有航运管理机构。
（一）地方航运管理体制
各地交通主管部门可以根据水路运输管理业务的实际情况，设置航运管理机构。因此，地方的航运管理体制呈现出多样化的特点。
以是否设置独立的航运管理机构为标准来划分，有两种模式：一是交通运输主管部门内设模式：即在交通运输主管部门内设立航运管理机构，行使有关航运管理职能，对外以交通运输主管部门名义进行；二是独立设置模式：即在交通运输主管部门下设立独立的航运管理机构。例如南京市交通运输局下设专门的航运管理机构负责航运管理。
以是否与道路运输管理机构合署设置为标准来划分，有两种模式：一是水陆合署模式：即在交通运输主管部门下设立航运管理机构与道路运输管理机构，两块牌子，一套人马，合署办公。如北京市和江苏省运输管理局既负责道路运输，又负责航运管理；二是单独设置航运管理机构的模式。
以是否与水路运输管理的其他机构合署设置为标准来划分，有两种模式：一是合署模式，例如江西省交通运输厅设立的港航管理局，负责港政、航运、航道、海事和船检进行行业管理；二是单独设置航运管理机构的模式。
在水运发达地区设置省、市、县三级地方航运管理机构，水运不发达地区采用水陆合署模式，大多数是属地管理体制，但也有垂直领导。安徽省是垂直领导的典型省份，省厅下设港航管理局、地方海事局、船舶检验局。江西省采取省、市两级属地管理，但市、县中有的采取垂直领导，有的采取属地领导。
（二）地方航运管理机构的法律地位
各地交通主管部门根据水路运输管理业务的实际情况设置的航运管理机构，除地方法规授权外，多数是交通运输主管部门委托进行行政管理，自身不具有独立主体的法律资格。但个别地方通过地方性法规获得授权，取得行政管理主体资格。
