根据2004年原交通部和商务部联合制定的《外商投资国际海运业管理规定》的要求，外商投资设立国际海运业者时，应当先根据《海运条例》及其《实施细则》获得交通部的许可文件，然后到商务部办理外商投资企业的设立审批手续，取得《外商投资企业批准证书》，最后依法向工商行政管理机关办理工商登记，领取营业执照。外商投资国际船舶运输及辅助企业依法设立后，申请人应当持工商行政管理机关颁发的营业执照向交通部申领《国际船舶运输经营许可证》及其他相应许可证，取得许可证书后方可从事国际船舶运输及其他经营活动。
与国际海上运输业有关的外商投资企业有三种类型，一是设立国际海上运输企业经营相关的业务；二是设立其他企业类型为其拥有或经营的船舶提供承揽货物、代签提单、代结运费、代签服务合同等日常业务；还有一种类型是外国航运企业在中国设立常驻代表机构。不同类型的企业设立的程序不完全相同。
1.外商投资国际海上运输及其辅助企业的设立程序
（1）申请条件。设立中外合资、合作经营企业经营国际船舶运输业务应当通过拟设立企业所在地的省、自治区、直辖市人民政府交通主管部门向交通运输部提出申请。设立外商投资国际船舶运输企业，需符合如下条件：[1]有与经营国际海上运输业务相适应的船舶，其中必须有中国籍船舶；[2]投入运营的船舶符合国家规定的海上交通安全技术标准；[3]有提单、客票或者多式联运单证；[4]有具备交通部规定的从业资格的高级业务管理人员；[5]以中外合资或中外合作企业形式设立，外商的出资比例不得超过49%；[6]企业的董事长和总经理，由投资各方协商后由中方指定；[7]法律、行政法规规定的其他条件。
设立国际船舶代理业务的应具备如下条件：[1]高级业务管理人员中至少2人具有3年以上从事国际海上运输经营活动的经历。高级业务管理人员是指具有中级或中级以上职称、在国际海运企业或者国际海运辅助企业任部门经理以上职务的中国公民；[2]有固定的营业场所和必要的营业设施，包括具有同港口和海关等部门进行电子数据交换的能力；[3]以中外合资或中外合作企业形式设立，外商出资比例不得超过49%；[4]法律、行政法规规定的其他条件。
设立国际船舶管理业务的，应当具备下列条件：[1]高级业务管理人员中至少2人具有3年以上从事国际海上运输经营活动的经历；[2]有持有与所管理船舶种类和航区相适应的船长、轮机长适任证书的人员；[3]有与国际船舶管理业务相适应的设备、设施。设立外商投资企业，经营国际海运货物仓储业务或者设立中外合资、合作企业经营国际集装箱站与堆场业务，应该提交：申请书；可行性分析报告；合资或者合营协议；投资者的企业商业登记文件或者身份证件。
（2）受理和审批。有关省、自治区、直辖市人民政府交通主管部门应当自收到完整齐备的材料之日起10个工作日内将申请材料及意见转报交通运输部。
交通运输部应当自收到转报的上述材料和意见之日起30个工作日内，进行审核，作出批准或者不予批准的决定。关于审核的依据除有关外商投资企业的合资比例（外商出资比例为49%）和企业负责人指定（双方在协商的基础上由中方指定董事会主席和总经理）特殊规定外，与中国相关企业法人的条件完全相同。认为符合条件的，予以批准，发给批准文件；不予批准的，应当书面通知申请人并告知理由。
2.其他企业的设立
设立其他企业为其船舶代办海上运输业务的，许可主体为商务部和交通运输部门，所依据的法律是交通部和商务部2004年联合发布的《外商投资国际海运业管理规定》。
3.外国航运企业常驻代表机构的设立
