《船员条例》及相关法律对违反船员法的行为规定了法律责任，从责任形式的角度划分，可分为行政法律责任和刑事法律责任，其中行政法律责任又分为财产罚和行为罚。前者包括罚款、没收；后者包括暂扣或吊销许可证。情节严重，构成犯罪的，依法追究刑事责任。涉及需要追究刑事责任的犯罪主要包括：伪造、变造、买卖国家机关公文、证件罪；交通肇事罪；重大环境污染事故罪；危险物品肇事罪；行贿罪；受贿罪；滥用职权罪；玩忽职守罪等。其中涉及船员的犯罪主要有交通肇事罪；重大环境污染事故罪；危险物品肇事罪。
从责任主体的角度划分，可分为船员的法律责任、用人单位的法律责任、船员培训和服务机构和派遣机构及海事管理机构的法律责任。
一、船员的法律责任
（一）违反船员许可证管理行为的处罚
1.违法取得许可证的
以欺骗、贿赂等不正当手段取得船员服务簿、船员适任证书、船员培训合格证书、中华人民共和国海员证的，由海事管理机构吊销有关证件，并处2000元以上2万元以下罚款。
2.不依法使用许可证的
伪造、变造或者买卖船员服务簿、船员适任证书、船员培训合格证书、中华人民共和国海员证的，由海事管理机构收缴有关证件，处2万元以上10万元以下罚款，有违法所得的，还应当没收违法所得。
3.不依法变更许可证的
船员服务簿记载的事项发生变更，船员未办理变更手续的，由海事管理机构责令改正，可以处1000元以下罚款。
4.不依法携带许可证的
船员在船工作期间未携带本条例规定的有效证件的，由海事管理机构责令改正，可以处2000元以下罚款。
5.无证上船工作的
2003年9月1日起施行的《中华人民共和国海上海事行政处罚规定》第三十一条规定，未取得合格的船员职务证书或未通过船员培训，擅自上船服务的，要依不同情形处以罚款，“未取得合格的船员职务证书”，包括下列情形：“（一）无船员职务证书；（二）持采取弄虚作假的方式取得的船员职务证书；（三）持伪造、变造的船员职务证书；（四）持转让、买卖或租借的船员职务证书；（五）所服务的船舶的航区、种类和等级以及所任职务超越所持船员职务证书限定的范围；（六）持已经超过有效期限的船员职务证书；（七）其他不符合法律、行政法规和规章规定情形的船员职务证书。”（二）项、（四）项规定的违法行为，除处以罚款外，并处吊销船员职务证书。对（五）的违法行为，除处以罚款外，并处扣留船员职务证书3个月至12个月的处罚。
（1）在非经营性船舶上服务的，处以200元以上1000元以下罚款。
（2）在经营性船舶上服务，有违法所得的，处以本人违法所得的3倍以下、最多不超过3万元的罚款。
（3）在经营性船舶上服务，无违法所得的，处以300元以上1万元以下罚款。
其中上述的（二）、（三）、（四）项与《船员条例》规定的违法取得许可证的和不依法使用许可证的行为的处罚重复，按法律的效力等级和新法优于旧法的原则，应依《船员条例》的规定处罚，条例未规定的，依《中华人民共和国海上海事行政处罚规定》处罚。
（二）船员不履行法定职责行为的处罚
船员有下列情形之一的，由海事管理机构处1000元以上1万元以下罚款；情节严重的，并给予暂扣船员服务簿、船员适任证书6个月以上2年以下直至吊销船员服务簿、船员适任证书的处罚：
（1）未遵守值班规定擅自离开工作岗位的；
（2）未按照水上交通安全和防治船舶污染操作规则操纵、控制和管理船舶的；
（3）发现或者发生险情、事故、保安事件或者影响航行安全的情况未及时报告的；
（4）未如实填写或者记载有关船舶法定文书的；
（5）隐匿、篡改或者销毁有关船舶法定证书、文书的；
（6）不依法履行救助义务或者肇事逃逸的；
（7）利用船舶私载旅客、货物或者携带违禁物品的。
