在全国范围内，除交通运输部门为改善通航条件建设并管辖的船闸以外，还有水利部门为防洪排涝建设并管辖的船闸，以及电力部门、民营企业为利用水电建设并管辖的船闸。因此，过闸费的征收依据是由各省交通、水利、水电等行政主管部门和物价部门根据上位法制定的。
《中华人民共和国航道管理条例实施细则》第三十三条规定：“除水利、能源部门在原通航河流建有水电站的船闸、升船机等按有关部门或地方人民政府规定免收费以外，船舶、排筏通过船闸、升船机等过船设施，应按国家规定缴纳过闸费。”对部分兴建在通航河流上的航电枢纽中的船闸，因为有发电收入，根据交通运输部或地方人民政府的有关规定，免收过闸费。
（二）征收主体与缴费义务主体
1.过闸费征收主体
过闸费征收行为也属于行政性征收，其征收主体应当是行政主体。对于交通运输部门管辖的船闸，其征收主体应当是各级交通主管部门，但是为减轻交通主管部门具体征费的事务，《中华人民共和国航道管理条例实施细则》可授权各级航道管理机构（船闸管理机构）征收。
2.过闸费缴费义务主体
过闸费缴费义务人是通过船闸的各类船舶、竹木排筏和浮运物体的所有人或经营人，使用船舶的人则是过闸费缴费主体。装货船舶的过闸费由货物托运单位负担，空船及客运船舶的过闸费由船舶所有权属单位负担，分别列入其成本开支。
（三）征收标准
过闸费征收标准一般在由各省、直辖市、自治区颁布的“过闸费征收和使用办法”中详细分类，明确征收标准。由船闸管理部门严格按标准征收。各省（市）征收标准不尽相同，随着经济的发展和形势的变化，也需要进行必要的修改。
（四）征收方式
船舶过闸费征收一般采取按通过次数征收的。正常情况征收地点设在船闸远方调度站、闸区或船闸指定地点。为确保征收标准和征收政策的执行到位，在过闸费征收中一般应遵守以下流程：
（1）船舶抵达船闸后，船员凭有效航行证件办理报到手续，申报缴费主体吨位、体积等计费基数；
（2）征收主体应对船员申报缴费主体的实际情况进行必要的核查；
（3）船员凭申报手续到船闸缴费处缴纳过闸费；
（4）收费人员出具有效票据交还船员；
（5）船舶缴纳过闸费后，因有特殊情况不再过闸，需向征收主体申明理由，经同意后方可凭据退款。船舶已进闸不再办理退票手续。
