申请是航道管理部门实施行政许可的启动程序。作为相对方的个人、组织要取得某项航道行政许可证明，首先要向航道管理部门提出申请。申请人向航道管理部门申请航道行政许可，除提交申请书以外，还应同时提交有关文件材料，例如设施所处位置的航道平面图、断面图以及设施的总体布置图，以说明建筑物的种类、结构、规模、地点、位置等内容，反映拟建设施与航道的关系。
按照航道法规和规章的规定，建设单位在建设临跨河设施前，应当事先经航道管理部门许可。但实际上因种种原因，许多部门和单位在建设前并未征求航道部门意见，未经许可就擅自建设。航道管理部门发现在建设施的通航标准达不到规定要求，要求建设单位停工并修改设计时，建设单位一般不愿修改设计，管理难度很大。为使航道行政管理工作走出这种被动的局面，航道部门需要在项目建设的前期介入管理，及早对设施的通航尺度提出要求，进行提前控制。
一个建设项目从计划建设到建成投产，一般要经过建设决策、建设实施和交付使用三个阶段。其主要步骤：项目建议书、可行性研究报告、初步设计、施工图设计、年度投资计划、开工报告、竣工验收。基本建设前期工作是从建设项目酝酿决定到开工建设以前进行的各项工作，是基本建设程序中一个非常重要的阶段。基本建设前期工作主要包括：提出项目建议书、编制可行性研究报告、进行设计和编制工程概预算，以及按照管理权限提请有关单位许可等。
基本建设前期是航道行政管理介入的最好时期，这一阶段对有关通航标准和技术要求进行超前预控，可以取得较为理想的效果。所谓超前预控，是指在临跨河设施开工建设前的工程预可行性研究（即预可，项目建议书为其工作结果）、工程可行性研究（工可）及初步设计（初设）等工程前期阶段，主动上门，主动参与，提出桥梁等临跨河设施的通航标准与技术要求，与建设、设计单位研究解决设计方案中存在的问题，将通航标准等问题解决在建设单位报送许可资料前，并要求建设单位按时报批拟建设施。
（二）审查
航道管理部门收到航道行政许可申请后，应在法律、法规、规章规定的期限内对申请人的申请及所附材料进行实质审查，审查的内容主要包括有以下三个方面。
1.申请材料的完整性与符合性审查
审查判定申请材料反映的情况与航道行政许可条件是否一致，通常采取书面审查为主的方式，逐条对照申请材料与许可条件的对应关系。
2.真实性审查
对申请材料真实性的审查，可以采取以下方式：
（1）当面询问申请人及与申请材料内容有关的相关人员，并由申请人和相关人员书面承诺声明所提供的材料与所述情况的真实性；
（2）根据材料之间的内容进行相互印证或者根据掌握的信息与申请材料进行印证；
（3）请求其他行政机关协助审查申请材料的真实性；
（4）审查人员到申请人单位、场所或到与所审查材料内容有关的单位、场所调取查阅有关材料，审查核实材料的真实性；
（5）举行听证，听取利害关系人意见；召开专家论证评审会议来审查申请材料的真实性；
（6）对现场的设备、设施、工具等采取检验、检测、勘验、验收等核查措施。
需要到建设现场进行实地核查的，航道管理部门应当指派两名以上工作人员进行核查，了解申请建设的建筑设施在航道的具体位置是否与设计图一致，了解地理地貌的现状情况，了解建筑设施是否符合通航标准和技术要求等有关规定。
3.关联性审查
对于申请事项直接关系到他人重大利益的，航道管理部门应当告知利害关系人，并可以采取举行听证、听取陈述申辩、召开专家论证评审会议等方式，听取利害关系人、申请人的意见。
利害关系人和申请人以口头方式陈述申辩，航道管理部门可以制作询问笔录，由利害关系人和申请人签名确认。利害关系人和申请人也可以用书面方式提出陈述申辩。
