港口经营许可的主体为港口行政管理部门。具体指中央的交通运输部和地方政府的港口主管部门。其分工是：交通运输部负责全国港口经营行政管理工作。省、自治区、直辖市人民政府交通运输（港口）主管部门负责本行政区域内的港口经营行政管理工作。省、自治区、直辖市人民政府、港口所在地设区的市（地）、县人民政府确定的具体实施港口行政管理的部门负责该港口的港口经营行政管理工作。
（三）港口经营许可的条件
从事港口经营，应当申请取得港口经营许可。从事港口经营（港口理货、船舶污染物接收除外），应当具备下列条件：
（1）有固定的经营场所；
（2）有与经营范围、规模相适应的港口设施、设备，其中：
①码头、客运站、库场、储罐、污水处理设施等固定设施应当符合港口总体规划和法律、法规及有关技术标准的要求；
②为旅客提供上、下船服务的，应当具备至少能遮蔽风、雨、雪的候船和上、下船设施；
③为国际航线船舶服务的码头（包括过驳锚地、浮筒），应当具备对外开放资格；
④为船舶提供码头、过驳锚地、浮筒等设施的，应当有相应的船舶污染物、废弃物接收能力和相应污染应急处理能力，包括必要的设施、设备和器材；
（3）有与经营规模、范围相适应的专业技术人员、管理人员；
（4）有健全的经营管理制度和安全管理制度以及生产安全事故应急预案。
从事港口理货，应当具备下列条件：
（1）与经营范围、规模相适应的组织机构和管理人员、理货员；
（2）有固定的办公场所和经营设施；
（3）有业务章程和管理制度。
从事船舶污染物接收经营，应当具备下列条件：
（1）有固定的经营场所；
（2）配备海务、机务、环境工程专职管理人员至少各一名，专职管理人员应当具有三年以上相关专业从业资历；
（3）有健全的经营管理制度和安全管理制度以及生产安全事故应急预案；
（4）使用船舶从事船舶污染物接收的，应当拥有至少一艘不低于300总吨的适应船舶污染物接收的中国籍船舶；使用港口接收设施从事船舶污染物接收的，港口接收设施应处于良好状态；使用车辆从事船舶污染物接收的，应当拥有至少一辆垃圾接收、清运专用车辆。
从事港口装卸和仓储业务的经营人不得兼营理货业务。理货业务经营人不得兼营港口货物装卸经营业务和仓储经营业务。
（四）港口经营许可的程序
1.申请
（1）申请从事港口经营，应当提交下列相应文件和资料：
[1]港口经营业务申请书；
[2]经营管理机构的组成及其办公用房的所有权或者使用权证明；
[3]港口码头、库场、储罐、污水处理等固定设施符合国家有关规定的竣工验收证（明）书及港口岸线使用批准文件；
[4]使用港作船舶的，港作船舶的船舶证书；
[5]负责安全生产的主要管理人员通过安全生产法律法规要求的培训证明材料；
[6]证明有符合港口经营许可的条件的其他文件和资料。
（2）从事港口理货业务的，应当提供上述[1]、[2]项规定的材料和理货人员名录以及表明其理货员身份的相应证明材料。
从事船舶污染物接收经营的，应当提供上述[1]、[2]项规定的材料和证明符合第九条规定条件的其他文件和材料。
（3）申请从事港口经营（申请从事港口理货除外），申请人应当向港口行政管理部门提出书面申请和上述[1]至[6]项文件和、从事船舶污染物接收经营企业应提供的文件。
2.受理并审查
交通运输部和港口行政管理部门对申请人提出的港口经营许可申请，应当根据下列情况分别作出处理：
（1）申请事项依法不需要取得行政许可的，应当即时告知申请人不受理；
（2）申请事项依法不属于交通运输部或者港口行政管理部门职权范围的，应当即时告知申请人向有关行政机关申请；
（3）申请材料存在可以当场更正的错误的，应当允许申请人当场更正；
