①对于投资额在3000万元及以上的沿海港口工程或投资额在300万元及以上的内河港口工程，在审批初步设计时，港口行政管理部门委托不低于原初步设计编制单位资质等级的另一设计单位对初步设计文件进行技术审查咨询。审查咨询单位在完成审查咨询工作后，出具审查咨询报告报港口行政管理部门。
对于技术简单或投资额低于上述规定的水运工程可由项目审批部门组织专家和有关部门进行审查后审批，或者直接审批。
②港口行政管理部门根据审查咨询报告或专家评审意见、其他相关文件和有关部门的意见形成初步设计审查意见。符合要求的初步设计文件根据审查意见完善后，报港口行政管理部门给予批准；不符合要求的初步设计文件，港口行政管理部门直接作出不予批准的决定并说明理由。
（2）施工图设计审批。
南京市港口管理局委托不低于原施工图设计编制单位资质等级的另一设计单位对施工图设计文件进行审查。符合要求的施工图设计文件根据审查意见完善后，报南京市港口管理局给予批准；不符合要求的施工图设计文件，南京市港口管理局直接作出不予批准的决定并说明理由。
（3）港口工程竣工验收审批。
①经国家发展和改革委员会审批、核准和经交通部审批的港口建设项目，由南京市港口管理局组织初步验收，初步验收合格后，由南京市港口管理局向省港口行政管理部门提出竣工验收申请，再由省港口行政管理部门向交通部转报，交通部验收合格后签发《港口工程竣工验收证书》。
②经省级人民政府有关部门审批、核准、备案和省级交通主管部门审批的港口建设项目，由南京市港口管理局组织初步验收，初步验收合格后，由南京市港口管理局向省港口行政管理部门提出竣工验收申请，省港口行政管理部门验收合格后签发《港口工程竣工验收证书》，并报交通部备案。
③其余港口建设项目，由南京市港口管理局直接组织竣工验收，验收合格后签发《港口工程竣工验收证书》，并报交通部备案。
对于验收不合格的，港口行政管理部门书面通知申请人并说明理由。
（4）建设港口的危险货物作业场所、实施卫生除害处理的专用场所的批准。
港口建设项目的安全设施和环境保护设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投入使用。
二、港口经营许可
国家设立港口经营行政许可制度，是基于港口的特殊属性决定的。港口作为国民经济和社会发展的重要基础设施，从某种意义上讲，具有较强的区域垄断性和社会公益性。它除了具有旅客运输、货物装卸等服务功能外，还具有较强的社会服务功能。企业和公众对港口服务具有较强的依赖性，往往不可选择。港口的这些特点决定了政府必须对港口经营者设立严格的市场准入管理，选择那些经济条件好、服务信用高的经营者从事港口经营，切实维护企业和公众的合法权益。
（一）港口经营的概念和种类
交通运输部2009年10月29日颁布的《港口经营管理规定》对于港口经营管理制度作出了明确的规定。港口经营，是指港口经营人在港口区域内为船舶、旅客和货物提供港口设施或者服务的活动，主要包括下列各项：
（1）为船舶提供码头、过驳锚地、浮筒等设施；
（2）为旅客提供候船和上下船舶设施和服务；
（3）为委托人提供货物装卸（含过驳）、仓储、港内驳运、集装箱堆放、拆拼箱以及对货物及其包装进行简单加工处理等；
（4）为船舶进出港、靠离码头、移泊提供顶推、拖带等服务；
（5）为委托人提供货物交接过程中的点数和检查货物表面状况的理货服务；
（6）为船舶提供岸电、燃物料、生活品供应、船员接送及船舶污染物（含油污水、残油、洗舱水、生活污水及垃圾）接收、围油栏供应服务等船舶港口服务；
（7）从事港口设施、设备和港口机械的租赁、维修业务。
（二）港口经营许可的主体
