凡未经批准使用港口岸线的，各级海事管理部门不予核准进行水上水下施工，各级港口管理机构不予许可从事港口经营。
（1）申请。申请人需提供的资料如下：
[1]工程名称、地点、建设规模、使用岸线范围；
[2]设计任务书、设计文件和施工方案等与港口、通航有关的工程技术资料和图纸一式四份。
（2）受理。行政服务中心港航窗口在1个工作日内受理。
（3）审查。港航科技人员到工程现场进行踏勘，了解工程有关情况；查阅有关技术资料，组织召开专家工程设计评审会议。时限为13个工作日。
（4）审批。根据《港口法》和有关审批权限，对其进行审批和核准，并上报省港航局基建科备案。时限为2个工作日。
（5）制证并颁发。港航科工作人员整理案卷、填发相关批准文书、表格并制证。时限为1个工作日。行政服务中心交通窗口发证，时限为1个工作日。
不予许可的，应该告知理由和复议起诉的机构和时间。
（二）港口建设项目的许可
1.港口建设项目许可主体
港口建设项目的许可是指在中华人民共和国境内新建、扩建、改建港口建设项目（包括与其他建设项目配套建设的港口建设项目）及其配套设施的建设活动的许可。
交通部负责全国港口建设的行业管理工作，并具体负责经国家发展和改革委员会审批、核准和经交通部审批的港口建设项目的建设管理工作。省级交通主管部门负责本行政区域内港口建设的行业管理工作，并具体负责经省级人民政府有关部门审批、核准的港口建设项目的建设管理工作。其余港口建设项目的建设管理工作由港口所在地港口行政管理部门负责。
2.港口建设项目的分类
按交通部2007年发布的《港口建设管理规定》第七条的规定，港口建设项目分为政府投资的港口建设项目和企业投资的港口建设项目，前者实行审批制，后者实行核准制、备案制。
这里所说的行政审批不是通常所指的行政许可，是指上级行政机关对下级行政机关行为的批准行为。核准制和备案制符合行政许可法规定的行政许可的要件。
3.港口建设项目许可的程序
不管是哪种项目，都要进行相关部门的批准，但程序不完全相同，审批制的，要先进行“建议书审批”，之后再进行“可行性研究报告审批”。实行核准制的港口建设项目直接进行“申请报告”审批。实行备案制的港口建设项目，项目单位应按省级人民政府制定的建设项目备案管理办法的要求，履行备案手续。
按许可的内容不同，还可分为港口工程设计审批、港口工程竣工验收审批，建设港口的危险货物作业场所、实施卫生除害处理的专用场所的批准，其中港口工程设计审批又分为初步设计审批和施工图设计审批。
依据《港口建设管理规定》第十四条和第十五条的规定，实行核准制的港口建设项目的项目申请报告应包括以下内容：
（1）项目申报单位情况；
（2）拟建项目情况；
（3）相关规划与建设用地；
（4）资源利用和能源耗用分析；
（5）生态环境影响分析；
（6）经济和社会效果分析。
申请港口建设项目的项目申请报告核准，应当提供以下材料：
（1）项目申请报告一式5份和相应的电子版本1份；
（2）建设项目工程可行性研究报告一式5份和相应的电子版本1份；
（3）城市规划行政主管部门出具的城市规划意见；
（4）国土资源行政主管部门出具的项目用地预审意见；
（5）环境保护行政主管部门出具的环境影响评价文件的审批意见；
（6）根据有关法律法规应提交的其他文件。
具体的程序可参阅南京市相关主管部门制定的《港口建设许可流程图》[1]。
4.港口工程设计审批
（1）初步设计审批。
