[3]个体（联户）船舶经营省际、省内地（市）间运输的，应当申报所在地的省交通运输厅（局）或者其授权的航运管理部门批准；经营地（市）内运输的，应当申报所在地的地（市）交通运输局或者其授权的航运管理部门批准。
[4]“三资企业”要求经营我国沿海、江河、湖泊及其他通航水域内的旅客和货物运输的，应当申报交通运输部批准。
（3）水路运输企业的开业许可。
[1]许可的时间，经批准同意筹建水路运输企业或者订造运输船舶后，方可在批准的范围内进行筹建、订造船舶。筹建完毕，具备开业条件后，应当再向原审批机关提交“水路运输企业（船舶）开业申请书”。审批机关应当于接到申请书的次日起20天内，对经审核符合条件，决定批准的，发给长期或者临时的“水路运输许可证”；对不予批准的，给予答复。
水路运输企业以外的单位要求以现有船舶从事营业性运输，应当向规定的审批机关提交“水路运输企业（船舶）开业申请书”，并抄报船舶所在地和航线到达地的交通运输主管部门。各抄报单位应当于接到申请书的次日起10天内向审批机关提出书面意见。审批机关应当于接到申请书的次日起20天内对经审核符合条件，决定批准的发给长期或者临时的“水路运输许可证”；对不予批准的，给予答复。
[2]船舶运输业许可的条件。
第一，交通运输管理部门的许可。水路运输企业的许可不完全是羁束的行政行为，即不完全以法律法规规定的条件为准，即要看被审批的水路运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人的管理水平、运输能力、客货源条件，还要看主要社会运力和运量总的平衡情况，审批其经营范围。对一省的船舶长期（半年以上）要求固定在外省境内营运的，应当征得外省交通运输厅（局）的同意后，方可批准。但由于历史原因形成的除外。
第二，工商行政管理部门的许可。企业得到许可后，要从事运输业务，还要到工商部门领取营业执照。交通主管部门的审批是工商部门审批的前置程序。
第三，船舶运输行为的许可。水运企业的生产工具是船舶，每一艘船舶从事运输，都要取得运输资格，其资格的证明文件就是《船舶营业运输证》。法律要求水路运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人领取营业执照后，应当持营业执照向原签发运输许可证的机关，按照拥有船舶的艘数领取单船长期或者临时的“船舶营业运输证”。
签发水路运输许可证、船舶营业运输证和水路运输服务许可证，可收取工本费。
3.水路运输主体的变更和终止
水路运输主体的变更，是指主体改变名称、分立、合并、迁移、运力增减、变更经营范围或其他的重大改变。这种情况属于许可的变更，要取得原许可机关的批准。
（1）增减运力管理。水路运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人，需要增减运力或者变更经营范围的，应当申报下列机关审批。
[1]交通运输部直属企业、业经交通运输部准许从事国内水路运输的“三资企业”增加运力或者变更其经营范围以及其他企业和单位增加省际运输运力或者变更其省际经营范围的，由交通运输部审批。其中属于长江、黑龙江交通运输部直属企业的，由交通运输部委托其派驻水系的航务管理局审批，但国际旅客旅游运输除外；属于其他内河省际运输的，由交通运输部委托各省交通运输厅（局）在交通运输部或者交通运输部委托其派驻水系的航务管理局确定的年度新增运力额度内审批，但“三资企业”和国际旅客旅游运输除外。
[2]省内运输增加运力或者变更经营范围，按经营范围分别申报所在省、地（市）的交通运输厅（局）或者其授权的航运管理部门批准。
