（1）申请。国内船舶运输主体资格的申请分为两种情况，一种情况是申请设立水路运输企业的；另一种情况是已经取得非水路运输企业资格，申请从事水路运输业务的。不管是哪种情况要从事水路运输都要取得许可。
属于第一种情况的，要首先提出筹建申请；申请经营国内水路运输业务的企业和个人，申请经营国内水路运输或者扩大国内水路运输经营范围，应当根据不同情况，向其所在地人民政府交通主管部门提交下列相应申报材料：
[1]申请书，包括申请的经营范围、运力规模及其来源；
[2]可行性报告，包括客货源市场分析及落实情况、资金来源及落实情况、营运经济效益分析；
[3]《企业法人营业执照》或《营业执照》（筹建提供的《企业名称预先核准通知书》即可）及其复印件；
[4]企业股东的基本情况和说明股东投资情况的证明文件，法人股东提供《企业法人营业执照》及其复印件，自然人股东提供身份证及其复印件；
[5]公司章程及其复印件，固定办公场所使用证明及其复印件；
[6]组织机构的设置和专职管理人员配备情况的证明文件，包括专职管理人员名单、任职文件、身份证、任职资历材料、劳动合同（筹建提供的意向协议即可）等原件及其复印件；
[7]包括生产经营管理与安全管理制度在内的企业基本管理制度；
[8]按照《航运公司安全与防污染管理规定》需要建立安全管理体系的，应当提供有效的“符合证明”或者“临时符合证明”证书及其复印件；符合[10]之项目规定的，应提供其与船舶管理企业签订的安全与防污染管理协议、船舶管理企业的《水路运输服务许可证》和有效的“符合证明”或者“临时符合证明”证书及其复印件；
[9]拟由其经营并投入国内水路运输的船舶来源证明文件和有效的《船舶所有权登记证书》、《船舶国籍证书》、《船舶检验证书》或者《船舶入级证书》、《船舶最低安全配员证书》及其复印件，《中华人民共和国航运公司安全与防污染管理规定》适用范围内的船舶还应当提供有效的“安全管理证书”或者“临时安全管理证书”及其复印件；
[10]经营客船运输的，应当提供与经营航线停靠站点的港口经营人达成的靠泊港航协议及其复印件，或者已经对客船靠泊、旅客上下船所必需的服务设施、安全设施作出安排的其他证明文件；
[11]个体运输经营者，提供本人身份证及其复印件和有效内河船员适任证书及其复印件。
企业筹建应当提交第[1]项至第[7]项、第[10]项规定的申报材料。
企业开业应当提交第[1]项至第[10]项规定的申报材料，有筹建环节的需要提供《水路运输许可证（筹建专用）》及筹建批准文件复印件。
已经取得国内水路运输经营资质的企业扩大经营范围，应当提交第[1]项、第[2]项、第[6]项至第[10]项规定的申报材料及原批准文件复印件和《水路运输许可证》（副本）。个体运输经营者申请从事国内水路运输应当提交第[1]项、第[9]项、第[11]项规定的申报材料。
（2）国内航运企业的筹建许可。
[1]设立水路运输企业或者以运输船舶经营沿海、内河省（自治区、直辖市，下同）际运输的，应当申报交通运输部批准。其中经营长江、珠江、黑龙江水系干线运输的（专营国际旅客旅游运输的除外），申报交通运输部派驻水系的航务管理局批准。
[2]设立水路运输企业或者以运输船舶经营省内地（市）间运输的，应当申报省交通运输厅（局）或者其授权的航运管理部门批准；经营地（市）内运输的，应当申报所在地的地（市）交通运输局或者其授权的航运管理部门批准。
