理事会（theCouncil）是国际海事组织的工作机构，在大会闭会期间，理事会作为国际海事组织的权力机构，负责处理内部事务以及与其他组织进行联系，理事会每年至少召开一次会议。每两年改选一次，可连选连任，于每届大会结束后开始工作。它是国际海事组织唯一通过选举产生的机构。根据《国际海事组织公约》的规定，大会选举40个理事国组成理事会。成员分为A、B、C三类，A类包括提供国际航运服务方面具有最大利害关系的10个国家；B类包括国际海上贸易方面具有最大利害关系的10个国家；C类包括海上运输或航行方面有特殊利害关系并能代表世界主要地理区域的国家，共20个。
中华人民共和国于1973年取得国际海事组织中的成员国地位，从1989年起连续担任该组织的A类理事国，至2011年中国连续12次当选A类理事国。目前A类理事国有中国、希腊、意大利、日本、挪威、俄罗斯、英国、美国、巴拿马和韩国；B类理事国有阿根廷、巴西、加拿大、法国、德国、印度、荷兰、瑞典、孟加拉和西班牙；C类理事国有阿尔及利亚、澳大利亚、巴哈马、智利、塞浦路斯、丹麦、埃及、加纳、印度尼西亚、马耳他、墨西哥、尼日利亚、菲律宾、波兰、葡萄牙、沙特阿拉伯、新加坡、南非、土耳其和委内瑞拉。
理事会主要职责是：
（1）协调该组织内各机构的活动；
（2）审议国际海事组织秘书长根据各委员会和秘书处所准备的工作计划草案及预算；
（3）受理各委员会和秘书处提交的报告、建议，提出意见后提交大会和各成员国；
（4）任命秘书长并报大会批准；
（5）就国际海事组织与其他组织的关系达成协议或作出安排，并报大会批准。
（三）海上安全委员会
国际海事组织是一个技术性组织，其绝大多数工作是由各小组委员会进行的，海上安全委员会（MaritimeSafetyCommittee， MSC）是国际海事组织的最高技术机构，也是开展技术工作的委员会中最早和最大的一个，担负着该组织技术工作的主要任务。
其主要职能是：在国际海事组织的职权范围内研究有关助航设备、船舶的构造和设备、安全配员、避碰规则、危险货物操作、海上安全程序和要求、航道信息、航海日志和记录、海难事故调查、救捞、救助及其他影响海上交通安全的事宜。
海上安全委员会对所有的成员国开放。每年召开一至两次会议，向理事会提出有关海上安全的规章草案，并提交上次会议以来的工作报告。
（四）海上环境保护委员会
海上环境保护委员会（MaritimeEnvironmentProtectionCommittee， MEPC）于1973年成立，由所有的会员国组成，是从海上安全委员会下属的海上防污染小组委员会发展起来的。
该委员会的主要职责是审议国际海事组织职权范围内有关防止和控制船舶对海上环境造成污染的任何事宜；特别是有关公约和其他规则的通过和修正及保证有资助实施的措施。海上环境保护委员会的成立和工作的开展，使得国际海事组织的中心工作在增进海上安全的基础上扩及海洋环境的保护。
国际海事组织还下设9个对所有成员国开放的小组委员会，主要是协助海上安全委员会和海上环境保护委员会工作，这些小组委员会是：航行安全小组委员会、船旗国履约小组委员会、无线电通信和搜救小组委员会、培训和值班标准小组委员会、船舶设计和设备小组委员会、防火小组委员会、稳性载重线和渔船安全小组委员会、危险货物运输、固体货物和集装箱小组委员会、散装**和气体小组委员会。
（五）法律委员会
