组织编制、上报并下达全国海事系统中长期发展规划和有关计划，管理所属单位固定资产投资计划和基本建设、科技项目并组织实施；负责所属单位基建的前期审查、项目管理、竣工验收；负责所属单位的装备管理；负责全国海事系统统计、信息工作。
3.通航管理处（中国海上搜救中心办公室）
管理通航秩序和通航环境；组织实施水上巡逻和交通管制，维护水上交通秩序；划定航道（路）、禁航区、交通管制区、港外锚地和安全作业区等水域；管理航道（路）、禁航区、交通管制区、锚地和安全作业区等水域；负责水上水下施工作业（含使用岸线）碍航性审核和监督检查，管理沉船沉物打捞和碍航物清除；管理航行警（通）告工作；负责水上搜救、船舶污染水域清除和监控值班；负责水上安全通信和信息网络运行工作；负责国际搜救卫星组织事务和船舶报告制工作。
4.船舶监督处（中国便利运输委员会办公室）
负责船舶登记和适航管理；管理船舶装运危险货物及其他货物的安全监督工作；管理船舶安全检查工作并负责亚太地区港口国监督合作事务；负责船舶最低安全配员管理工作；负责防止船舶污染的监督管理工作；审批外国籍船舶临时进入我国非开放水域，承办港口对外开放的有关审批工作；负责船舶进出港（境）有关手续的管理工作；办理中国便利运输委员会办公室日常工作。
5.船舶检验处
管理船舶检验和船舶技术监督工作；监督管理中国籍船舶、海上设施及在我国沿海作业的外国海上设施的法定检验发证工作；审定船检机构及验船师资质并实施监督管理；承办法定检验授权事宜；审批外国验船组织在我国设立代表机构并实施监督管理。
6.船员管理处
负责船员管理工作。组织制定船员、引航员、磁罗经校正员和海上设施检验工作人员适任资格标准；管理船员、引航员、磁罗经校正员培训、考试、发证工作；审定船员、引航员、磁罗经校正员技术培训机构资质并管理其质量体系审核工作；负责海员证件管理工作。
7.航标测绘处
负责沿海航标和无线电导航管理；负责海区港口航道测绘管理工作和交通系统测绘归口管理工作，组织中国海区有关航海图书资料的编印、发行和改正工作；组织航标、交通管理系统等助航设施的维护管理工作。
8.安全管理处（交通部安全委员会办公室）
负责水上安全综合管理和事故处理工作。综合协调和指导水运安全生产工作，归口管理交通行业安全生产并承办交通部安全委员会的日常工作；管理水上交通事故的报告、调查、处理、统计分析和跟踪结案工作，具体组织重大特大水上交通事故的调查处理和跟踪结案；管理并组织水运企业安全生产条件和安全管理体系审核发证工作。
中国海事局根据工作需要下设若干派出机构：上海海事局（上海）、天津海事局（天津）、辽宁海事局（大连）、河北海事局（秦皇岛）、山东海事局（青岛）、江苏海事局（南京）、浙江海事局（杭州）、福建海事局（福州）、广东海事局（广州）、广西海事局（南宁）、海南海事局（海口）、长江海事局（武汉）、黑龙江海事局（哈尔滨）、深圳海事局、营口海事局、烟台海事局、连云港海事局、厦门海事局、汕头海事局、湛江海事局。
（三）中国海事局海上巡查舰队
中国海巡负责近海船只的管理，海上交通管理巡查以及海难事故救捞调查，隶属交通部海事局。海巡船对航速没有特别要求，但是要求航程远、稳定性好。因为考虑到巡逻需要大范围航行，同时对抗各种恶劣天气，我国海监的巡逻舰也装备有直升机，执行“快速巡逻”任务。
