随着我国改革开放的深入，海上安全管理的体制与管理要求越来越不相适应。在1983年颁布实施《海上交通安全法》的基础上，1985年国务院作出了改革水上交通安全监督管理体制的决定。按照政企分开的原则，建立由中央和地方分工负责的水上安全监督管理体制。沿海大港口由中央管理，小港口由地方管理，海区内水域秩序由中央统一管理。交通部直属港务监督按海区分管，管区内已设有港监机构的小港和小海湾仍由地方在划定的水域范围内实施监督管理。长江、珠江干线和黑龙江的水上安全监督管理由交通部设置的港航监督机构统一负责。其他内河水域由各省、自治区、直辖市交通厅（局）设置的港航监督机构负责。交通部于1986年开始对海上安全监督管理体制进行改革，先后将隶属于沿海各港务局的17个港务监督、15个海上无线电通信机构和3个隶属于航道局的航标测量部门划出，组建了14个海上安全监督局，作为交通部直属一级行政执法机构的海上安全监督局。 海上安全监督局的成立对于我国加强海上安全监督管理、保护水上人命、财产安全及防止船舶污染水域起到了巨大作用。
但在实践中又产生了国家海上安全监督局与地方港务监督之间的矛盾问题，以及港务监督与船舶检验局之间的矛盾问题，这些矛盾的出现客观上又要求完善我国航政管理机构。1994年至1995年完成了港务监督机构内部职责的重新划分，使部分地方港务监督机构与交通部属港务监督合并。
1998年10月13日发布国务院办公厅关于《交通部职能配置内设机构和人员编制规定》第五条第二款关于水上安全监督管理体制中规定：沿海（包括岛屿）海域和港口、对外开放水域及主要跨省、自治区、直辖市内河（长江、珠江、黑龙江）干线及港口的水上安全监督管理，实行“一水一监，一港一监”垂直管理体制。由交通部统一领导。合并中央与地方的水上安全监督机构，统一命令、统一布局、统一监督管理；在统一领导体制下，界定有关水域的中央与地方的管理分工。
中华人民共和国船检局（交通部船舶检验局）与中国船级社实行“局社、政事分开”，同中华人民共和国港务监督局（交通部安全监督局）合并组建中华人民共和国海事局（交通部海事局）。海事局为交通部直属机构，局长由交通部主管副部长兼任，实行垂直管理体制；主要负责行使国家水上安全监督管理和防止船舶污染、船舶及海上设施检验、航海保障的管理职权。
根据法律、法规的授权，海事局负责行使国家水上安全监督和防止船舶污染、船舶及海上设施检验、航海保障管理和行政执法，并履行交通部安全生产等管理职能。海事局负责执行的法律、法规、公约如下：《海上交通安全法》、《内河交通安全条例》、《船员条例》、《国际船舶进出口管理条例》、《海洋法公约》、《防治船舶污染海洋环境管理条例》、《航标条例》等。国际海事组织制定的一系列公约与建议书，如 《国际海上人命安全公约》及其议定书，《1978年海员培训、发证和值班标准国际公约》及其修正案等（具体请参见本书第三章第一节）。
（二）海事局的机构设置及其主要职能
中华人民共和国海事局（原交通部海事局）设置12个职能处（室）的工作机构：办公室、法规规范处、计划基建处、财务会计处、人事教育处、通航管理处（中国海上搜救中心办公室）、船舶监督处（中国便利运输委员会办公室）、船舶检验处航标测绘处、船员管理处、安全管理处（原交通部安全委员会办公室）、审计处。其中主要的处室及其职能如下。
1.法规规范处
组织拟订船舶技术政策和综合性海事法规；制订并组织实施船舶和海上设施法定检验技术规范、规则；管理全国海事系统的法制工作；跟踪和研究、实施有关国际海事公约；实施全国海事系统的标准化和质量管理工作。
2.计划基建处
