目前我国设置国家渔政管理机构、海区渔政管理机构，以及地方渔政管理机构。国家渔政管理机构，是指国家设立的农业部渔政渔港监督管理局（后改为渔业局）。它是全国海洋、内陆渔业水域渔政渔港监督管理的最高领导机关和仲裁单位，对外称中华人民共和国渔政渔港监督管理局，该局下设办公室、法规处、渔政处、安全处、船检处、环保处、电信处等，渔政处负责全国渔政日常事务的处理。
海区渔政管理机构，是指黄渤海、东海、南海三个海区的渔政渔港监督管理局，为农业部派出机构。1990年6月，为适应渔政管理工作的需要，三个海区渔政分局更名为海区渔政局，并增设渔业法规处。海区渔政船队更名为“渔政检查大队”，成为独立的行政执法主体。
沿海各省、自治区、直辖市也很重视渔政渔港监督管理机构建设，共设立了11个渔港监督处和渔船检验处，在300多个大小渔港建立了渔港监督管理机构，即地方渔政管理机构。它是指全国各省、自治区、直辖市以及各渔业重点市、县、地方渔政管理机构，乡、镇和重点渔业水域所建立的地方渔政管理机构。省一级设渔政渔港监督管理局（处级局）或渔政海监检查总队；市、县级设检查支队等。重点渔业水域或乡、镇渔政管理机构，一般作为县级以上渔业行政主管部门或其渔政管理机构的派出单位。同时还在各省、市设立渔业环境监测站。内陆地区为进一步加强渔政与公安的配合，从体制上建立一支渔业与公安双重领导的水上安全民警队伍，把渔政管理与治安管理结合起来，维护渔业生产秩序。
目前，全国县级以上渔业行政执法机构已有2882个，渔业行政执法人员3.3万余人，渔政执法船艇2100多艘。一支初具规模、具有较强战斗力的渔业行政执法队伍已经建立起来，为我国渔业的快速、稳定发展作出了重要贡献。近年来，农业部十分重视渔业行政执法队伍建设工作，于1999年发出了《关于加强渔业统一综合执法工作的通知》，于2000年成立了中国渔政指挥中心和黄渤海、东海、南海渔政总队。2008年10月23日，经国务院批准，农业部渔业局（中华人民共和国渔政渔港监督管理局）更名为农业部渔业局（中华人民共和国渔政局）；农业部黄渤海区渔政渔港监督管理局更名为农业部黄渤海区渔政局；农业部东海区渔政渔港监督管理局更名为农业部东海区渔政局；农业部南海区渔政渔港监督管理局更名为农业部南海区渔政局；[12]该系统建设的总体目标为建设国家（农业部）、海区（黄渤海、东海、南海区渔政渔港监督管理局）、省（自治区、直辖市）渔政管理指挥系统中心站，在省级直属渔业行政执法机构和沿海地（市）、县渔业行政执法机构中建立系统工作站，同时为渔政执法船配备船位监测设备，形成完整的全国渔政管理指挥网络系统。该系统的运用，会极大地提高我国渔业行政执法的现代化水平和管理效率，为维护我国海洋渔业权益发挥重要作用。
中国渔政的主要执法依据包括《联合国海洋法公约》、《专属经济区和大陆架法》、《渔业法》、《渔业法实施细则》、《野生动物保护法》、《水污染防治法》、《环境保护法》、《物权法》、《专属经济区渔政巡航管理规定》（渔业局发布）、《行政处罚程序规定》（农业部）、《农业行政处罚规定》（农业部）等法律、法规、规章。
为适应新时期我国渔业发展和管理要求，加强渔业法律体系建设，农业部组织对1986年《渔业法实施细则》进行了修订，起草了《中华人民共和国渔业法实施条例》，并于2008年4月24日公开发布了“修订草案征求意见稿”。修订草案对原“细则”进行了大幅度的修改，新增大量关于养殖水域、滩涂规划与使用等方面的内容。
