国家实施海洋管理必须设置相应的机构，形成一定形式的海洋管理体制。近年来，海上活动的船舶、平台日益增多，周边国家侵犯我国海洋权益的活动时有发生，海洋权益斗争日趋激烈。维护海洋权益，保护海洋资源和环境的任务繁重。但我国在海上执法主体设置方面仍存在着力量分散、多头管理、布局不合理等诸多弊端。1998年政府机构改革后，国务院赋予国家海洋局管理“‘中国海监'队伍，依法实施巡航监视、监督管理、查处违法活动”的职责。1998年10月，中编办批复成立中国海监总队。1999年7月，中国海监总队组建完成，这标志着海监队伍的建设与发展进入了全新的阶段。同时，也合并并组建了国家海事局和渔业监察大队等机构。
根据《海洋环境保护法》、《海域使用管理法》、《海上交通安全法》、《渔业法》的规定，中国的海洋行政主管部门主要有国家海洋局、海事局、渔政渔港监督管理局。其次，根据《海关法》和《武警法》等的规定，还包括海关、公安、环保等涉海部门，其各自设置了相应的执法队伍。而沿海地方人民政府的公安、交通、渔业、环保、海洋等部门各自拥有本部门所属的海上执法队伍，分别担负着海上治安管理、海上交通安全监督、船舶海上污染防治、海上缉私和维护海洋权益、海域使用监督管理、海洋环境保护等方面的执法任务。
一、国家海洋局及其海上执法机构
（一）国家海洋局概况
新中国成立以后，海洋事业得到了迅速的发展，为了加强国家对海洋工作的领导，促进海洋事业更好地发展，1964年7月22日第3届全国人民代表大会常委会第124次会议批准成立了国家海洋局，作为国务院直属机构，专门负责海洋工作。国家海洋局成立之后，先后建立了北海、东海和南海分局。同时陆续建立了各种专业研究机构，积极开展各项海洋工作，有力地推动了我国海洋事业的发展。1998年机构改革后，将国家海洋局划归为国土资源部管理的国家局。成为负责监督管理海域使用和环境保护、依法维护海洋权益、组织海洋科技研究的行政机构。
（二）国家海洋局的机构设置
为管理海洋事务，国家海洋局内设下列机构：办公室（财务司）、海域管理司、海洋环境保护司、科学技术司、国际合作司、人事司、机关党委、纪委、监察专员办公室。
为执行法律、法规，国家海洋局下设下列单位：中国海监部队、北海分局、东海分局、南海分局、国家海洋环境预报中心、国家海洋信息中心、国家海洋技术中心、国家海洋环境监测中心、国家海洋标准计量中心、国家卫星海洋应用中心、杭州水技术处理技术研究开发中心、第一海洋研究所、第二海洋研究所、第三海洋研究所、天津海水淡化与综合利用研究所、中国极地研究所、极地考察办公室、学会秘书处、中国大洋矿产资源研究开发协会办公室、国家海洋发展战略研究所、海洋出版社、中国海洋报社、北京教育培训中心。
在北海、南海、东海分局下各设有一个“中国海监”船队，以及相应的执法管理和业务机构，负责各海区的海上执法工作。北海分局是国家海洋局派驻青岛负责北海海域（渤海、黄海北部水域）海洋管理的行政机构。截至2011年2月，北海分局拥有船舶7艘，海监飞机2架；[9]南海分局是国家海洋局在广州设立的南海区域海洋行政管理机构，并对中国海监南海总队实施管理，拥有11艘集海洋执法和科研调查为一体的执法和科研调查船只，海监飞机2架；[10]东海分局是国家海洋局设在上海的负责管理东海区域的行政管理机构，拥有执法调查专用船9艘，海监飞机2架。②
（三）国家海洋局的职责
