ITWF自1948年7月开始通过船员组和码头装卸工人组展开反对方便旗船的运动，以此来维护船员的劳动权利。可以说ITWF是开展抵制方便旗船活动最早的一个组织。方便旗船于1922年开始出现，40年代以后得到了迅速的发展。1958年期间开展了为期4天的抵制方便旗船的运动。其结果使得其后的二三年时间内方便旗船数量的增加较为缓慢。但其后，再度增加，到1971年末，已经占全世界船舶吨位的20%，到2001年方便旗船达到了87939艘。截至2009年1月，中资船舶悬挂方便旗船1555艘、5559万载重吨，占总载重吨位的59.91%。[12]在目前的方便旗船制度下，虽然某船旗国拒绝了对一低标准船的登记，但在短短几个月的时间内，就可以在不需要船体检查的情况下取得其他国家的国籍。联合国秘书长对此评论如下：船舶所有人和经营人不考虑国际法的因素是因为其这样做有经济利益，某一船籍国注销了一艘低标准船，但仍可以找到以有利条件登记的船籍国进行登记，这对船东来说是一件容易的事。正因为如此，与其说现行制度抑制低标准船，还不如说是助长了低标准船的发展。船籍国对本国船舶管理的忽视，已构成对航行安全和环境安全的威胁，进而会引起水产资源的枯竭。联合国开发计划署也对方便旗船登记制度提出了一系列的强化策略和管理措施。但是因为开发计划署涉及多个国家的管辖权问题，为了准备真正有效的管理，需要众多国家的协助。
ITWF经过长期不懈的努力，致力于揭露方便旗制度的危险性。此外，还和许多国际组织，如绿色和平组织、地球的证人、地球之友等协作在2002年发表共同声明，呼吁各国政府要制定船籍国应承担的责任和义务的概括式的反恐计划。声明中指出，部分船籍国的登记手续简单到令人吃惊的程度，只用网上登记就可以了。另外，许多船舶登记是依据商业标准以特许的方式进行登记的，这种情况也对国家主权的概念引起怀疑。轻易违反国际规则不仅会成为恐怖主义攻击的对象，也会成为违反国际最低标准的通道，成为船员及其家属痛苦的根源。如果仍允许低标准船的继续存在，就会给海上人命、财产和环境带来损失。声明中支持必须建立船舶和船旗国之间的“真正联系”的观点。在共同声明中指出：“现在的状况是无力的，不仅部分船籍国不履行国际义务，甚至没有那种责任意识，沿岸国也欠缺保护本国利益的能力。我们现在就面临着或者由船旗国采取适当的措施，或者是使方便旗船制度渐渐地解体，或者是沿岸国或地域组织为保护国民及社会的利益而制定统一的政策这两条路选择的问题。”
ITWF工作的最终目标是要实现海运界的本国船主义，也就是使船舶回到所有人国籍国进行登记，但在当前的形势下，作为策略措施之一，是通过订立集体合同的方式改善方便旗船员的待遇。具体而言，就是制定标准较高的ITWF集体合同，之后，对于低于集体合同之标准的船舶采取抵制运动。而且对于满足ITWF集体合同条件的船舶发放蓝皮证书，持有这一证书的船舶不在抵制之列。ITWF集体合同是专门为方便旗船而制定的。在加盟ITWF活动开展的较为有力的地方，许多方便旗船都受到过抵制运动的“礼遇”。其中澳大利亚和瑞典港口的ITWF加盟工会较为活跃。
2009年印度尼西亚、马来西亚、泰国以及菲律宾和新加坡的工人联合会发起了一场东南亚周活动。由海员和码头工人工会以及国际运输工人联合会一同组织的这一活动周，旨在防止各种对海员的剥削。
