随船检疫：检验检疫机构对旅游船、军事船、要人访问所乘船舶等特殊船舶以及遇有特殊情况的船舶，如船上有病人需要救治、特殊物资急需装卸、船舶急需抢修等，经船方或者其代理人申请，可以实施随船检疫。
③船舶的义务。接受入境检疫的船舶，必须按照规定悬挂检疫信号，在检验检疫机构签发入境检疫证书或者通知检疫完毕以前，不得解除检疫信号。除引航员和经检验检疫机构许可的人员外，其他人员不准上船；不准装卸货物、行李、邮包等物品；其他船舶不准靠近；船上人员，除因船舶遇险外，未经检验检疫机构许可，不得离船；检疫完毕之前，未经检验检疫机构许可，引航员不得擅自将船舶引离检疫锚地。
关于检疫信号，法律规定，昼间在明显处所悬挂国际通语信号旗：
第一，“Q”字旗表示：本船没有染疫，请发给入境检疫证；第二，“QQ”字旗表示：本船有染疫或者染疫嫌疑，请即刻实施检疫。
夜间在明显处所垂直悬挂灯号：
第一，红灯三盏表示：本船没有染疫，请发给入境检疫证；
第二，红、红、白、红灯四盏表示：本船有染疫或者染疫嫌疑，请即刻实施检疫。
④实施检疫并发证。检验检疫机构实施登轮检疫时，应当在船方人员的陪同下，根据检验检疫工作规程实施检疫查验。对经检疫判定没有染疫的入境船舶，签发《船舶入境卫生检疫证》；对经检疫判定染疫、染疫嫌疑或者来自传染病疫区应当实施卫生除害处理的或者有其他限制事项的入境船舶，在实施相应的卫生除害处理或者注明应当接受的卫生除害处理事项后，签发《船舶入境检疫证》；对来自动植物疫区经检疫判定合格的船舶，应船舶负责人或者其代理人要求签发《运输工具检疫证书》；对须实施卫生除害处理的，应当向船方出具《检验检疫处理通知书》，并在处理合格后，应船方要求签发《运输工具检疫处理证书》。
（2）出境检验检疫。出境的船舶在离境口岸接受检验检疫，办理出境检验检疫手续。
①申请。出境的船舶，船方或者其代理人应当在船舶离境前4小时内向检验检疫机构申报，办理出境检验检疫手续。已办理手续但出现人员、货物的变化或者因其他特殊情况24小时内不能离境的，须重新办理手续。船舶在口岸停留时间不足24小时的，经检验检疫机构同意，船方或者其代理人在办理入境手续时，可以同时办理出境手续。
办理出境检验检疫手续时，船方或者其代理人应当向检验检疫机构提交《航海健康申报书》、《总申报单》、《货物申报单》、《船员名单》、《旅客名单》及载货清单等有关资料（入境时已提交且无变动的可免予提供）。有第十九条所列情况的，应当提交相关检验检疫证书。
②审核并发证。经审核船方提交的出境检验检疫资料或者经登轮检验检疫，符合有关规定的，检验检疫机构签发《交通工具出境卫生检疫证书》，并在船舶出口岸手续联系单上签注。
（3）检疫处理。
①卫生除害处理。对有下列情况之一的船舶，应当实施卫生除害处理：第一，来自检疫传染病疫区；第二，被检疫传染病或者监测传染病污染的；第三，发现有与人类健康有关的医学媒介生物，超过国家卫生标准的；第四，发现有动物一类、二类传染病、寄生虫病或者植物危险性病、虫、杂草的或者一般性病虫害超过规定标准的；第五，装载散装废旧物品或者腐败变质有碍公共卫生物品的；第六，装载活动物入境和拟装运活动物出境的；第七，携带尸体、棺柩、骸骨入境的；第八，废旧船舶；第九，国家质检总局要求实施卫生除害处理的其他船舶。
