船舶在取得进出口岸许可前，船舶及其所载船员、旅客、货物和其他物品接受我国主管机关的检查。检查一般仅限于对船舶或其代理人按规定提交的报表、单证和有关资料的书面审查，除某些特殊情况外，检查机关不登轮检查，除外情况包括：对来自疫区的船舶，载有检疫传染病染疫人、疑似检疫传染病染疫人、非意外伤害而死亡且死因不明尸体的船舶，未持有卫生证书或者证书过期或者卫生状况不符合要求的船舶，卫生检疫机关应当在锚地实施检疫；动植物检疫机关对来自动植物疫区的船舶和船舶装载的动植物、动植物产品及其他检疫物，可以在锚地实施检疫。
悬挂检疫信号的船舶，除引航员和经卫生检疫机关许可的人员外，其他人员不准上船，不准装卸行李、货物、邮包等物品，其他船舶不准靠近；船上的人员，除因船舶遇险外，未经卫生检疫机关许可，不准离船；引航员不得将船引离检疫锚地。
对船舶的入境检疫，在日出后到日落前的时间内实施；凡具备船舶夜航条件，夜间可靠离码头和装卸作业的港口口岸，应实行24小时检疫。对来自疫区的船舶，不实行夜间检疫。
受入境检疫船舶的船长，在检疫医师到达船上时，必须提交由船长签字或者有船医附签的航海健康申报书、船员名单、旅客名单、载货申报单，并出示除鼠证书或者免予除鼠证书。在查验中，检疫医师有权查阅航海日志和其他有关证件；需要进一步了解船舶航行中卫生情况时，检疫医师可以向船长、船医提出询问，船长、船医必须如实回答。用书面回答时，须经船长签字和船医附签。
船舶实施入境查验完毕以后，对没有染疫的船舶，检疫医师应当立即签发入境检疫证；如果该船有受卫生处理或者限制的事项，应当在入境检疫证上签注，并按照签注事项办理。对染疫船舶、染疫嫌疑船舶，除通知海事机构外，对该船舶还应当发给卫生处理通知书，该船舶上的引航员和经卫生检疫机关许可上船的人员应当视同员工接受有关卫生处理，在卫生处理完毕以后，再发给入境检疫证。
船舶领到卫生检疫机关签发的入境检疫证后，可以降下检疫信号。
六、行政处罚
主管机关发现船舶有违反中国法律法规行为的，有权对船舶及其上人员进行处罚。
1.违反边防检查行为的，由边防检查站按《边防检查条例》进行行政处罚
（1）出境、入境的交通运输工具载运不准出境、入境人员，偷越国（边）境人员及未持有效出境、入境证件的人员出境、入境的，对其负责人按每载运一人处以5000元以上10000元以下的罚款。
（2）交通运输工具有下列情形之一的，对其负责人处以10000元以上30000元以下的罚款：
[1]离、抵口岸时，未经边防检查站同意，擅自出境、入境的；
[2]未按照规定向边防检查站申报员工、旅客和货物情况的，或者拒绝协助检查的；
[3]交通运输工具在入境后到入境检查前、出境检查后到出境前，未经边防检查站许可，上下人员、装卸物品的；
[4]出境、入境的船舶，由于不可预见的紧急情况或者不可抗拒的原因，驶入对外开放口岸对外地区，没有正当理由不向附近边防检查站或者当地公安机关报告的；或者在驶入原因消失后，没有按照通知的时间和路线离去的，对其负责人处以10000元以下的罚款。
2.违反动植物检疫规定的行为，由质量监督检验检疫处罚
有下列违法行为之一的，由口岸动植物检疫机关按《中华人民共和国进出境动植物检疫法实施条例》，处3000元以上3万元以下的罚款：
（1）未经口岸动植物检疫机关许可擅自将进境、过境动植物、动植物产品和其他检疫物卸离运输工具或者运递的；
（2）擅自调离或者处理在口岸动植物检疫机关指定的隔离场所中隔离检疫的动植物的；
（3）擅自开拆过境动植物、动植物产品和其他检废物的包装，或者擅自开拆、损毁动植物检疫封识或者标志的；
