②隔离、扑杀、排放等措施。对船上的检疫传染病染疫人应当实施隔离，对染疫嫌疑人实施不超过该检疫传染病潜伏期的留验或者就地诊验；对船上的染疫动物实施退回或者扑杀、销毁，对可能被传染的动物实施隔离。发现禁止进境的动植物、动植物产品和其他检疫物的，必须作封存或者销毁处理；对来自疫区且国家明确规定应当实施卫生除害处理的压舱水需要排放的，应当在排放前实施相应的卫生除害处理。对船上的生活垃圾、泔水、动植物性废弃物，应当放置于密封有盖的容器中，在移下前应当实施必要的卫生除害处理；对船上的伴侣动物，船方应当在指定区域隔离。确实需要带离船舶的伴侣动物、船用动植物及其产品，按照有关检疫规定办理。
5.动植物检疫
由国务院农业行政主管部门主管全国进出境动植物检疫工作。
1991年颁布的《中华人民共和国进出境动植物检疫法》第六章，运输工具检疫中规定了来自动植物疫区的船舶、飞机、火车抵达口岸时，由口岸动植物检疫机关实施检疫。发现有法律规定的一类、二类动物传染病、寄生虫病植物危险性病、虫、杂草的，作不准带离运输工具、除害、封存或者销毁处理。进出境运输工具上的泔水、动植物性废弃物，依照口岸动植物检疫机关的规定处理，不得擅自抛弃，装载出境的动植物、动植物产品和其他检疫物的运输工具，应当符合动植物检疫和防疫的规定。进境供拆船用的废旧船舶，由口岸动植物检疫机关实施检疫，发现有法律规定的名录所列的病虫害的，作除害处理。
对于国际航行船舶进出港口的检查部门虽然很多，但为了提高行政效率，国家逐渐合并上述行政机关。1999年之前，进行进出口贸易活动时，外贸企业在向海关申报前，首先要申请商品检验、动植物检疫和卫生检疫，俗称“一关三检”。1999年，全国各地的进出口商品检验局、动植物检疫局、卫生检疫局陆续合并，成立各地“出入境检验检疫局”，全名是“中华人民共和国××出入境检验检疫局”。在国家层面，组建了“国家出入境检验检疫局”，垂直管理各地的出入境检验检疫局，内地31个省级的检验检疫局和深圳、珠海、厦门、宁波共35个局被称作“直属检验检疫局”，其下隶属的分布在各地各口岸的出入境检验检疫局或办事处被称作“检验检疫分支机构”。2001年，原“国家出入境检验检疫局”和原“国家质量技术监督总局”合并组建“国家质量监督检验检疫总局”，简称“国家质检总局”，为国务院直属机构，主管全国质量、计量、出入境商品检验、出入境卫生检疫、出入境动植物检疫、进出口食品安全和认证认可、标准化等工作，并行使行政执法职能。国家质检总局对省（自治区、直辖市）质量技术监督机构实行业务领导，对出入境检验检疫机构实施垂直管理。
上述机构中的海事机构负责召集有其他检查机关参加的船舶进出口岸检查联席会议，研究、解决船舶进出口岸检查的有关问题。
（四）船舶进出港口许可的程序
1.进港申请
外国籍船舶应委托具有相应代理权的船舶代理，中国籍船舶由船舶或其代理向口岸所在地海事机构申请办理。在办理时，船舶或代理人应在船舶预计到达港口7日前（航程不足7日的，在驶离上一口岸时）填写《国际航行船舶进口岸申请书》；拟进入长江水域的船舶，应在船舶预计经过上海港区的上述时间内向抵达地的海事机构递交申请书。[5]除此之外还应准确填报规定的文书材料，由海事机构进行审查。船方或其代理人应当在船舶预计抵达口岸24小时前（航程不足24小时的，在驶离上一口岸时），将抵达时间、停泊地点、靠泊移泊计划及船员、旅客的有关情况报告检查机关，船方或其代理人在船舶抵达口岸前未办妥进口岸手续的，须在船舶抵达口岸24小时内到检查机关办理进口岸手续。
