票据抗辩限制制度与票据善意取得制度，都是为了确保票据的流通能够不受票据关系人之间权利瑕疵的影响，从而增强票据的流通性和安全性，保护善意持票人的合法权益，确保票据交易的安全。虽然二者功能相同，但在票据法上却是两种不同的法律制度，具有不同的特点，并有同时存在的必要。
1.法律依据不同
票据抗辩限制的法律依据是我国《票据法》第13条，而票据善意取得的法律依据为我国《票据法》第12条。
2.适用的场合不同
票据的善意取得只适用于票据无权处分的场合，即转让票据的人不享有票据权利；而票据抗辩限制的适用则不限于无权处分的场合，票据关系人之间的任何抗辩都适用票据抗辩限制规则。
3.利益遭受损失的人不同
在票据抗辩限制制度中，由于票据债务人不能以原有的抗辩事由对抗善意持票人，因而其利益有可能遭受损失；而在票据的善意取得中，为了保护善意取得票据的持票人，真正的票据权利人的利益可能遭受损失。
4.争议的焦点不同
在票据抗辩限制中，利益对立的双方为持票人与票据债务人，争议的焦点在于票据债务人能否行使抗辩权；而在票据善意取得中，利益对立的双方为现持票人与真正的票据权利人，争议的焦点在于现持票人能否取得票据权利。[2]
【延伸阅读】
实践中，银行的退票理由书究竟具有何种法律性质？在银行汇票、银行承兑汇票、银行本票和支票中，由于银行为付款人，是票据关系基础的当事人之一，因而其出具的相关退票理由书应当具有票据抗辩的性质，适用有关票据抗辩的一切规则。而在商业承兑汇票中，银行既不是出票人也不是付款人，因此付款行不是商业承兑汇票的当事人，其只是基于出票人之间的委托关系而履行委托付款的义务，此时银行的退票理由书并不具有票据抗辩的性质，属于民法上的一般抗辩，不发生抗辩切断。这就可以解释为什么商业承兑汇票的付款行可以出票人存款不足为由拒绝付款。
[1] 于莹：《票据法》，北京，高等教育出版社，2008，第90页。
[2] 王小能：《票据法教程》，第112页。
