实际上，马克思是为了研究伊壁鸠鲁的自然哲学而去解读黑格尔的《自然哲学》的。更重要的是，马克思之所以研究伊壁鸠鲁，并不是出于对其自然哲学学术上的兴趣，而是因为伊壁鸠鲁是古代启蒙思想家、自我意识哲学家，对伊壁鸠鲁的研究是有利于理解德国当时的启蒙运动的。所以，当马克思在政治上面临更为迫切的任务时，他就把博士论文的修订和出版工作放到一边去了。[47]更何况，在解读黑格尔的《自然哲学》时，马克思并未留下真正有实质意义的札记。
在马克思读过的黑格尔著作中，他留下札记最多、作过系统研究和深刻评论的不是《逻辑学》和《自然哲学》，而是《法哲学原理》和《精神现象学》。然而，马克思在这方面的两部重要手稿——《黑格尔法哲学批判》和《1844年经济学哲学手稿》，普列汉诺夫和列宁都未读过。因此，他们就很容易从《逻辑学》和《自然哲学》的视角出发去理解马克思哲学与黑格尔哲学的关系。
1859年，马克思在《〈政治经济学批判〉序言》中回顾自己在《莱茵报》期间的困惑时指出：“为了解决使我苦恼的疑问，我写的第一部著作是对黑格尔法哲学的批判性的分析，这部著作的导言曾发表在1844年巴黎出版的《德法年鉴》上。我的研究得出这样一个结果：法的关系正像国家的形式一样，既不能从它们本身来理解，也不能从所谓人类精神的一般发展来理解，相反，它们根源于物质的生活关系，这种物质的生活关系的总和，黑格尔按照18世纪的英国人和法国人的先例，概括为‘市民社会’，而对市民社会的解剖应该到政治经济学中去寻求。”[48]这段重要的论述表明，正是通过对黑格尔法哲学的批判，马克思确立了两个重要思想：一是法的关系根源于物质的生活关系，这一思想构成马克思全部法哲学理论的基础；二是对市民社会的解剖应当诉诸政治经济学，这样一来，对黑格尔《法哲学原理》中“市民社会”的批判性思考就成了马克思转向政治经济学研究，促进自己思想转变的关键。
通过对黑格尔法哲学的批判，马克思认识到，“市民社会是全部历史的真正发源地和舞台”[49]，认识到“人并不是抽象的栖息在世界以外的东西。人就是人的世界，就是国家，社会”[50]。黑格尔是在家庭、市民社会和国家中来论述人的权利、义务和本质的，正是基于这方面的思考，马克思后来把人的本质规定为一切社会关系的总和。同时，通过黑格尔法哲学批判，还启发马克思制定了政治经济学研究的根本方法。如果说《逻辑学》主要是“在材料加工的方法上”为马克思提供了启示，那么，《法哲学原理》则主要在政治经济学研究的根本方法——“从抽象上升到具体的方法”——上为马克思提供了启示。马克思在论述这种研究方法时指出：“黑格尔论法哲学，是从主体的最简单的法的关系即占有开始的，这是对的。”[51]《资本论》是这种研究方法的光辉典范。《资本论》关于占有、分工、契约、价值、人格、自由王国等的许多论述，或直接以批判的方式引证了《法哲学原理》，或间接地体现了《法哲学原理》的影响。在这个意义上说，不理解黑格尔的法哲学，就不可能真正理解马克思的《资本论》。
除《法哲学原理》外，《精神现象学》对马克思哲学的形成和发展也产生了重要影响。
其一，在马克思看来，《精神现象学》的中心任务在于它抓住了“人的异化”这一核心问题，从而展开对整个社会、国家、宗教领域的批判。[52]尽管这一批判被神秘化了，但它对马克思的启示是重大的。正是《精神现象学》中的“异化”和“劳动”概念启发了马克思，使他在研究政治经济学时提出了“异化劳动”这一概念。马克思后来对商品拜物教的批判就是在异化劳动批判的基础上提出来的。
其二，马克思发现，“黑格尔的《现象学》及其最后成果——作为推动原则和创造原则的否定性的辩证法——的伟大之处首先在于，黑格尔把人的自我产生看作一个过程，把对象化看作失去对象，看作外化和这种外化的扬弃；因而，他抓住了劳动的本质，把对象性的人、现实的因而是真正的人理解为他自己的劳动的结果”[53]。这一发现之所以重要，就在于马克思看到了《精神现象学》中的辩证法和《逻辑学》中的辩证法之间的差异。
在《逻辑学》中，辩证法的承担者乃是逻辑理念，而在《精神现象学》中，辩证法的承担者乃是劳动，因而可以把这种辩证法表达为劳动辩证法。尽管黑格尔关注的是劳动的积极方面，而未充分注意其消极的方面；尽管从根本上说黑格尔承认的劳动仅仅是抽象的精神劳动，然而，《精神现象学》毕竟显示出人是在劳动中生成的。这正是《精神现象学》的伟大之处。马克思后来在谈到黑格尔的辩证法时指出：“在他那里，辩证法是倒立着的。必须把它倒过来，以便发现神秘外壳中的合理内核。”[54]这里说的“合理内核”并不是没有任何载体的、空洞的辩证法，而是以劳动为载体的现实的辩证法。当然，在马克思那里，劳动不再是抽象的精神劳动，而是现实的物质生产活动。
可以看出，较之《逻辑学》和《自然哲学》，《法哲学原理》和《精神现象学》对马克思哲学的形成和发展产生了更为重要的影响。在马克思哲学思想转变的过程中，除了他的实践活动和费尔巴哈的影响这两个因素外，还有两个理论因素不容忽视：一是通过对《法哲学原理》的批判性解读，发现市民社会是全部历史的真正发源地和舞台；二是通过对《精神现象学》以及政治经济学著作的批判性解读，提出了“异化劳动”的新概念，并创立了以现实的人的活动为载体或承担者的新的辩证法。正是这些因素的综合作用使马克思不是返回到一般唯物主义，而是直接创立了历史唯物主义这一新世界观。如果说逻辑学的“倒转”是一般唯物主义的话，那么，精神现象学和法哲学的倒转则是历史（辩证）唯物主义。
