（一）建立纵横交错、相辅相成的教育科研组织结构
中国的教育科学研究，业已形成纵横交错、多类型多层次的组织结构，体现了教育科学研究从实践中来、到实践中去的思想路线，形成了具有中国特色的教育科学研究组织管理体系。
从纵向的组织管理结构看，可分为全国、省（自治区、直辖市）、市（区）、县、校5层。
1978年成立的全国教育科学规划领导小组，负责管理全国教育科学规划工作，其职责包括：组织规划及年度课题指南的制定工作，管理和筹措课题研究经费，制定课题管理办法及相关规定，组织各类课题的评审、检查、鉴定工作，指导委托机构的管理工作，编发教育科学规划工作简报，组织课题成果传播、交流和推广活动，举办学术研讨活动，组织优秀成果和先进管理单位的评选、奖励工作。全国教育科学规划办公室在全国教育科学规划领导小组的领导下，已先后组织、制定和实施了全国教育科学“六五”至“十一五”规划，汇编出版了规划重点课题成果公报，并于1989年、1999年、2006年和2011年组织开展了4届全国教育科学优秀成果评奖活动。
从1983年开始，以北京市为开端，已有29个省（自治区、直辖市）相继设立了教育科学规划机构，中国教育科学研究已形成组织化的制度体系。全国各省、自治区、直辖市所属的教育科学研究院（所），在领导体制上有三种形式：独立设院，由教育厅（局）领导；附设在高等师范院校或教育学院，由厅（局）和院校双重领导；附设在教育厅（局）内。它们的任务侧重于应用方面的教育科学研究并以研究本地区教育工作的实际问题为主。
市（区）县教育教学研究室（简称教研室）作为基层的教学业务管理部门，在市（区）县教育行政部门领导下，承担着本地区基础教育教学业务工作的管理和指导职能。教研室制度始于1956年，侧重于基础教育课程研究和教学指导工作。教研室是地方教育行政部门设置的承担中小学、幼儿园教学研究和学科教学业务管理的常设事业机构，其主要职能有教学研究、教学管理、教学指导、教学改革和教材建设等。
高等院校的科研处和中小学的教研室是学校教育科研的管理机构，受学校行政的直接领导，业务上接受上级教育科研部门的管理和指导，主要职能包括：制定本校教育科研工作规划及课题管理办法，推动本校教科研工作的开展；组织本校教育科研课题的立项、实施、阶段审议、结题验收及评奖，具体管理本校课题的研究全过程；吸收、运用、推广优秀教育科研成果并尽快将其转化为教育效益；指导本校课题承担者有效地开展课题研究工作，并为研究工作的良好运作创造必要的条件；组织本校教育理论的学习、培训工作，提高教师的教育科学研究水平。
从横向的组织类型结构上看，大致可分为以下4类。
