近年来，中国政府在积极推动民办教育发展的同时，不断完善制度建设，在确保了民办教育规范运作的同时，构建起了健全的民办教育运作规范，较好地确立了关乎民办教育长远发展、提质发展的治理结构。
——民办学校办学许可和注册登记制度。民办学校的设置标准参照同级同类公办学校的设置标准执行。民办学校应当具备法人条件；举办民办学校的社会组织，应当具有法人资格；举办民办学校的个人，应当具有政治权利和完全民事行为能力。
举办实施学历教育、学前教育、自学考试助学及其他文化教育的民办学校，由县级以上人民政府教育行政部门按照国家规定的权限审批；举办实施以职业技能为主的职业资格培训、职业技能培训的民办学校，由县级以上人民政府劳动和社会保障行政部门按照国家规定的权限审批，并抄送同级教育行政部门备案。审批机关对批准正式设立的民办学校发给办学许可证，并将批准正式设立的民办学校及其章程向社会公告。其中，申请正式设立实施学历教育的民办学校的，审批机关受理申请后，应当组织专家委员会评议，由专家委员会提出咨询意见。民办学校取得办学许可证，依法进行登记。
——民办学校内部治理结构。民办学校设立理事会、董事会或者其他形式的决策机构。学校理事会或者董事会由举办者或者其代表、校长、教职工代表等人员组成，其中1/3以上的理事或者董事应当具有5年以上教育教学经验。学校理事会或者董事会由5人以上组成，设理事长或者董事长1人。理事长、理事或者董事长、董事名单报审批机关备案。学校理事会或者董事会行使下列职权：聘任和解聘校长；修改学校章程和制定学校的规章制度；制定发展规划，批准年度工作计划；筹集办学经费，审核预算、决算；决定教职工的编制定额和工资标准；决定学校的分立、合并、终止；决定其他重大事项。民办学校的法定代表人由理事长、董事长或者校长担任。
校长依法行使职权。民办学校参照同级同类公办学校校长任职的条件聘任校长，年龄可以适当放宽，并报审批机关核准。民办学校校长依法独立行使教育教学和行政管理职权：执行学校理事会、董事会或者其他形式决策机构的决定；实施发展规划，拟订年度工作计划、财务预算和学校规章制度；聘任和解聘学校工作人员，实施奖惩；组织教育教学、科学研究活动，保证教育教学质量；负责学校日常管理工作；学校理事会、董事会或者其他形式决策机构的其他授权。其中民办学校内部组织机构的设置方案由校长提出，报理事会、董事会或者其他形式决策机构批准。
民办学校教职工具有参与民主管理、民主监督的权利。民办学校依法通过以教师为主体的教职工代表大会等形式，保障教职工参与民主管理和监督。民办学校的教师和其他工作人员，有权依照《工会法》，建立工会组织，维护其合法权益。
——民办学校产权和资产管理制度。关于民办学校法人财产权：民办学校对举办者投入民办学校的资产、国有资产、受赠的财产及办学积累，享有法人财产权。民办学校存续期间，所有资产由民办学校依法管理和使用，任何组织和个人不得侵占。其中，民办高校的资产必须于批准设立之日起1年内过户到学校名下。
民办学校资产中的国有资产接受监督、管理。民办学校接受的捐赠财产的使用和管理，依照《中华人民共和国公益事业捐赠法》的有关规定执行。民办学校对接受学历教育的受教育者收取费用的项目和标准由学校制定，报有关部门批准并公示；对其他受教育者收取费用的项目和标准由学校制定，报有关部门备案并公示。民办学校收取的费用应当主要用于教育教学活动和改善办学条件。
——民办学校财务会计制度。民办学校应依照《中华人民共和国会计法》和国家统一的会计制度进行会计核算，在每个会计年度结束时制作财务会计报告，委托会计师事务所依法进行审计，并公布审计结果。民办学校资产的使用和财务管理受审批机关和其他有关部门的监督。一些地方政府根据民办学校的不同类型，制定了有区别的会计制度。上海市在会计科目设置、核算办法等方面都作出细化规定。《广州市民办学校财务会计管理规定》明确出资人不要求取得合理回报的民办学校应执行《民间非营利组织会计制度》，出资人要求取得合理回报、对外不筹集资金且规模较小的民办学校可选择执行《小企业会计制度》，其他出资人要求取得合理回报的民办学校应执行《企业会计制度》。
在每个会计年度结束时，捐资举办的民办学校和出资人不要求取得合理回报的民办学校应当从年度净资产增加额中、出资人要求取得合理回报的民办学校应当从年度净收益中，按不低于年度净资产增加额或者净收益的25%的比例提取发展基金，用于学校的建设、维护和教学设备的添置、更新等。
民办学校终止时，应当依法进行财务清算。对民办学校的财产按照下列顺序清偿：应退受教育者学费、杂费和其他费用；应发教职工的工资及应缴纳的社会保险费用；偿还其他债务。
——民办学校行业自律与行政监管制度。国家支持建立民办教育行业自律制度，发挥行业协会、专业学会、基金会等各类社会组织在民办教育公共治理中的作用。成立于2008年的中国民办教育协会，是由全国各级各类民办教育机构和民办教育工作者自愿结成的、行业性的、全国性的和非营利性的社会组织，这个协会在面向社会开展民办教育科学理论与实践研究，开展民办教育的行业规范、行业自律和行业维权活动方面发挥了重要作用。
根据政府职能分工，国务院教育行政部门负责全国民办教育工作的统筹规划、综合协调和宏观管理。县级以上地方各级人民政府教育行政部门主管本行政区域内的民办教育工作。县级以上地方各级人民政府劳动和社会保障行政部门及其他有关部门在各自的职责范围内，分别负责有关的民办教育工作。教育行政部门及有关部门依法对民办学校实行督导，促进提高办学质量；组织或者委托社会中介组织评估办学水平和教育质量，并将评估结果向社会公布。
一些地方还加强了民办教育管理的统筹力度，如黑龙江省要求县级以上人民政府建立由教育行政部门、劳动和社会保障部门和其他有关部门参加的民办教育联席工作会议制度，协调解决民办教育发展中的有关问题；浙江省建立省级民办高等教育协调机制，省级各有关部门要按照职责分工，将民办高等教育纳入管理范畴，积极做好服务、管理和监督工作；山东省要求建立工作协调机制，在省委、省政府的领导下，省科教领导小组负责协调民办教育规范管理的重大问题，具体工作由教育主管部门负责。
——民办学校教师人事制度。民办学校聘任的教师应当具备《中华人民共和国教师法》和有关行政法规规定的教师资格和任职条件。民办学校应当有一定数量的专职教师；其中，实施学历教育的民办学校聘任的专职教师数量应当不少于其教师总数的1/3。民办学校自主聘任教师、职员。民办学校聘任教师、职员，应当签订聘任合同，明确双方的权利、义务等。民办学校招用其他工作人员应当订立劳动合同。
民办学校教职工在业务培训、职务聘任、教龄和工龄计算、表彰奖励、社会活动等方面依法享有与公办学校教职工同等权利。民办学校依法保障教职工的工资、福利待遇，并为教职工缴纳社会保险费。民办学校应当建立教师培训制度，为受聘教师接受相应的思想政治培训和业务培训提供条件。不少地方在教师人事制度方面进行了政策突破，如四川省、昆明市、宁波市规定民办学校的教师可以参加事业单位保险。
