从1993年开始，推进“两基”成为各级政府的教育行动。国家相继采取了一系列重大措施，安排专项资金组织实施了贫困地区义务教育工程，建立相应的两级评估督导验收制度。按照义务教育事业在国务院领导下，实行地方负责、分级管理的要求，中央政府与省级政府签订实施“两基”责任书，健全城乡教育费附加征收、管理和使用制度，鼓励社会捐集资助学办学，开展东、西部地区学校对口支援，全面推进普及九年义务教育和扫除文盲工作。地方各级政府依法履行职责，把完成“两基”任务纳入政府任期目标，层层签订“两基”责任书。同时，在各级政府的动员下，社会各界和广大人民群众踊跃集资办学，慷慨捐资助学，义务献工投料，谱写了全民兴教的动人篇章。
经过各方面艰苦卓绝的努力，到2000年年底，全国已有2541个县级行政单位通过了“两基”验收，全国85%以上的人口地区普及了九年义务教育，青壮年文盲率下降到5%以下。至此，全国总体上实现了“两基”目标，在世界九个人口大国中率先实现了全民教育相关目标，为中国在世纪之交总体上进入小康社会提供了有力的人力资源支撑，为经济快速发展和社会持续进步注入了生机活力。
3.聚焦西部、攻坚克难（2001—2007年）
2000年全国总体上实现“两基”目标之后，还有15%的人口所在地区没有通过国家“两基”验收。这些地区①主要集中在西部，经济社会发展相对滞后，群众贫困面大、贫困程度深；②地方财政困难，教育投入严重不足、发展基础薄弱；③自然地理条件艰苦，办学、就学成本较高。
2001年《国务院关于基础教育改革与发展的决定》提出了普及九年义务教育和扫除青壮年文盲的新目标，贫困地区推进“两基”攻坚，已实现“两基”的农村地区继续巩固提高，大中城市和经济发达地区实现高水平、高质量普及九年义务教育。[6]2003年，国务院要求新增教育经费主要用于农村，在《关于进一步加强农村教育工作的决定》中提出：“力争用五年时间完成西部地区‘两基’攻坚任务。”[7]
2004年国务院批转《2003—2007年教育振兴行动计划》提出：“实施国家西部地区‘两基’攻坚计划。到2007年年底，力争使西部地区普及九年义务教育人口覆盖率达到85%以上，青壮年文盲率下降到5%以下。”[8]《国家西部地区“两基”攻坚计划（2004—2007年）》提出到2007年在西部地区实现“两基”目标。国务院统一领导，2004年启动实施了农村寄宿制学校工程、农村中小学远程教育工程和农村义务教育阶段学校教师特设岗位计划，继续实施国家贫困地区义务教育工程二期和农村中小学危房改造工程，进一步实施“两免一补”政策（对家庭经济困难学生免除杂费、免费提供教科书、补助寄宿生生活费），全力支持西部各省、自治区、直辖市政府推进“两基”攻坚。
2005年国务院《关于深化农村义务教育经费保障机制改革的通知》提出逐步将农村义务教育全面纳入公共财政保障范围，建立中央和地方分项目、按比例分担的农村义务教育经费保障机制。[9]2006年起全部免除西部农村义务教育阶段学杂费，惠及西部4880万名学生，使约20万名因贫困辍学的孩子重返校园。2007年起免除全国农村义务教育阶段学杂费，惠及1.5亿名学生。
2006年全国人大常委会通过新修订的《义务教育法》，结合新形势和新特点，对义务教育管理体制、保障机制、发展模式、教师地位和待遇作出了更具约束力的法律规定，强调“国家将义务教育全面纳入财政保障范围，义务教育经费由国务院和地方各级人民政府依照本法规定予以保障”[10]。
