那么，他到哪里去找文明世界上所找不到的自由了呢？在水底下，在海洋的深处，人们没法追踪他的地方。
这位军事家变成了学者。他在太平洋的一个荒岛上建立了造船所，按照自己的设计，造成一艘潜水船。他用某些方法——这些方法将来是会被人们发现的——有效地利用了万能的电力。他用电作为动力、照明和发热的源泉，供应他的浮力装置的全部需要，而这种电的来源却永远不会枯竭。海里有无尽的宝藏，有数不清的鱼类、无数的海藻和庞大的哺乳动物，不仅有自然界所供应的一切，还有人类遗失在海底的各种各样的物资。这些宝藏充分地满足了王子和他的同伴们的需要。于是他最热心向往的事就这样实现了，他再也不和外界联系了。他把他的潜水船命名为诺第留斯号，自称尼摩船长，神不知鬼不觉地隐藏在海洋深处。
多年来，这个神奇的人从南极到北极，游遍了各个大洋。作为一个被文明世界所遗弃的人，他在这些陌生的地方搜集了无数的珍宝。1702年，西班牙大帆船在维哥湾所丧失的百万资财成了他用不完的财富。他经常用这笔巨款来帮助那些为争取独立而奋斗的国家，同时却始终不暴露自己的姓名。
很久以来，他一直和外界隔绝。1866年11月6日的夜间，忽然有三个人落到他的船上。一个是法国教授，一个是教授的仆人，还有一个是加拿大的渔夫。当时美国的亚伯拉罕-林肯号巡洋舰追逐诺第留斯号，这三个人就是在两船互撞的时候，落到他的船上来的。
尼摩部长听教授说起，才知道诺第留斯号有时被人们当作庞大的鲸鱼类哺乳动物，有时被人们当作一只海盗的潜水船，到处都有人在海里搜寻它。
这三个人偶然从大洋里来到船上，接触到他的神秘生活；本来他是可以把他们送回大洋的。但是他没有这样做，竟把他们软禁起来。他们在这里呆了七个月，在海底航行了两万法里，这个期间所遭遇的一切奇迹，他们都亲眼看到了。
这三个人谁也不知道尼摩船长过去的历史。1867年6月22日，他们乘着诺第留斯号上的一只小船逃走了。可是当时诺第留斯号在挪威海岸附近被卷入了大漩涡的中心。因此，船长十分自然地认为这三个逃跑的人一定会被可怕的漩涡卷走，死在海里了。他决没想到那个法国人和他的两个伙伴竟那么凑巧，被抛上海岸，并且得到了罗佛敦群岛渔民们的救援，更不知道法国教授回国以后，出版了一本书，叙述了七个月来在诺第留斯号上曲折离奇的航海经过。这些情况公开以后，曾经引起广大读者的好奇心。
在这件事情发生以后很长的一段时间里，尼摩船长继续漫游各个海洋。但是他的同伴一个一个地死去了，他们最后在太平洋的珊瑚礁上找到了长眠的基地。后来，这群寄居在海底的人，只剩下尼摩船长一个人了。
这时候他已经六十岁了。虽然无依无靠，但他还是把诺第留斯号开进了一个海底的石洞，过去他常常把这样的石洞当作停泊船只的海港。
这些港口，有一个就在林肯岛的海底下，那时候它已成为诺第留斯号的藏身的处所。
船长在林肯岛已经居住了六年。他不再航海，只是静等着度完自己残余的岁月。这时候他应该回到过去的同胞那去了；也就是在这个时候，他无意之中看见南军的俘虏乘坐的气球从天空降落下来。他穿着潜水衣在离岸几锚链的海底行走，恰好赶上工程师掉下海来。船长在同情心的驱使下，救起了赛勒斯-史密斯。
他首先想到的是远远避开这五个遇难的人。但是，火山的作用使一部分玄武岩升出水面，堵塞住他藏身的海港，他再也出不了地窟了。虽然轻便的小船不怕水浅，还能穿出洞口，但是诺第留斯号却不行，因为它吃水很深。
