和梁启超的分类相似，学者一般将《墨子》一书分为五组。第一组即为两梁启超所分，被认为是墨子早期作品，前3篇掺杂有儒家理论，被视为墨子早年“习儒者之业，受孔子之术”所留下的痕迹。后4篇主要谈论了尚贤、尚同、天志、节用、非乐等理论。从《尚贤上》到《非儒下》的24篇又为一组，系统地反映了墨子“兼爱”“非攻”“尚贤”“尚同”“节用”“节葬”“非乐”“天志”“明鬼”“非命”这十大命题，是全书的主体部分。《经》上、下，《经说》上、下，以及《大取》《小取》6篇，即为专说名辩和物理、光学等内容的“经”，是研究墨家逻辑思想和科学技术成就的珍贵资料。由《耕柱》到《公输》的5篇，是对墨子言行的记录，体例与《论语》相近，有墨子弟子辑录，是研究墨子事迹的第一手资料。《备城门》以下是一篇专讲守城技巧与城防制度，因其制度与秦相近，被认为是战国时秦国的墨者所作，是研究墨家军事学术的重要资料。
《墨子》一书文辞不事藻饰，文风平实质朴，但也有部分具有诘屈聱牙之弊的内容。文章讲究形式逻辑，重视论辩技巧，善于从具体的生活现象和历史事实出发，由小到大，层层类比，进行推理论证。《墨子》的文体显示了文章由语录体散文向专题论文过渡的痕迹。书中仅《耕柱》《公孟》《贵义》《鲁问》等4篇是通过简单的对话形式进行说理，保留了语录体的形式，其余许多篇章则已初具议论文的规模和特点。
《墨子》是我国古典哲学、自然科学著作中一部不可多得的珍品，是我国思想史和科学发展史上的一座里程碑。然而《墨子》成书千年以来，历史上比较少有人问津。时至近代，人们在认真解读之后，才发现二千多年前的墨家已对光学、数学、力学有了较为科学、深入的认识，对自然科学的许多方面给出了正确的见解。这一发现震惊了学术界，人们开始对《墨子》、墨家乃至诸子百家愈加刮目相看。
特色的认识论和首创的逻辑学
墨子思想多彩，在哲学、政治、军事等方面都有卓越的思想造诣，在千年之后的我们看来，依然光亮璀璨，叹为观止。
墨子对于我国哲学思想的主要贡献，在于其对认识论的发展。墨子将“耳目之实”的直接感觉经验作为认识的唯一来源。判断事物的有无不能仅凭个人臆想，要以大家的所看、所听为依据，这是墨子遵循的认识之道。从这一朴素的唯物主义经验论出发，墨子提出了检验认识真伪的标准：“上本之于古者圣王之事”，“下原察百姓耳目之实”，“废以为刑政，观其中国家百姓人民之利”。这著名的“三表法”将“事”“实”“利”综合，以间接经验、直接经验和社会效果为准绳，努力排除了个人的主观成见。针对于名实关系，墨子主张以实正名，以求名副其实，提出“非以其名也，以其取也”。
在哲学思想上，墨子代表了从宗法奴隶制下解放出来的小生产者群体，其思想具有不可克服的二重性和局限性。其中的合理因素得到了后来唯物主义思想家的继承和发展，其中的神秘主义理论也被秦汉以后的神学目的论者吸收和利用。
忽视理性认识的作用，片面强调感觉经验的真实性，这是墨子认识论方面的不足。此外，墨子的世界观也存在着深刻的内在矛盾。一方面，他强调“非命”“尚力”，认为决定人们命运的不是“命”，而是“力”，因而提出“赖其力而生，不赖其力则不生”，充分肯定了“人力”在社会生活与改造自然过程中的作用。另一方面，他肯定“天志”和“鬼”的作用，把“天”看作是有意志的人格神，提出“顺天意者必得赏”，“反天意者必得罚”。为了“顺天意”，就要“兼相爱，交相利”，不可“别相恶，交相贼”。墨子认为鬼神能够“赏贤而罚暴”，如此即将天、鬼的意志与百姓的利益混为一谈。
